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- PDB-5xvp: E. fae Cas1-Cas2/prespacer/target ternary complex revealing the f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xvp
タイトルE. fae Cas1-Cas2/prespacer/target ternary complex revealing the fully integrated states
要素
  • (CRISPR-associated ...) x 2
  • (DNA (73-MER)) x 2
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*CP*CP*GP*AP*G)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM / CRISPR / Cas
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, NMENI subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Xiao, Y. / Ng, S. / Nam, K.H. / Ke, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41-GM103403 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR029205 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1332208 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-103485 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: How type II CRISPR-Cas establish immunity through Cas1-Cas2-mediated spacer integration.
著者: Xiao, Y. / Ng, S. / Hyun Nam, K. / Ke, A.
履歴
登録2017年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年10月12日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
G: DNA (73-MER)
H: DNA (73-MER)
I: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*CP*CP*GP*AP*G)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*CP*CP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,34212
ポリマ－210,29310
非ポリマー492
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38010 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area73760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.870, 212.294, 512.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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CRISPR-associated ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 33492.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)
遺伝子: cas1, HMPREF9501_02814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E6GPD7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 12977.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)
遺伝子: cas2, HMPREF9501_02813 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E6GPD6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 3種, 4分子 GHIJ

#3: DNA鎖 DNA (73-MER)


分子量: 22406.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA
由来: (合成) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)
#4: DNA鎖 DNA (73-MER)


分子量: 22548.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA
由来: (合成) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*CP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2706.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA
由来: (合成) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)

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非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate, 100 mM sodium citrate, pH 4.8, and 4-7% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 68246 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 8.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 3→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 41.415 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23264 3549 5 %RANDOM
Rwork0.19365 ---
obs0.19557 68098 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.857 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.95 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---3.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11138 3251 2 2 14393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01714998
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.74920917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.413329140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8551350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67723.881572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.098152126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5341584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it15.3677.0095418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other15.3657.0095417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it19.70410.516762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other19.70410.516763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it15.17.2649580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other15.0977.2649579
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other19.18710.76514156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined21.76779.54518754
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other21.76879.54318755
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr16.345327544
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.85651
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded39.673526939
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 214 -
Rwork0.322 5019 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16250.04320.01080.3470.05070.00840.00410.0811-0.01380.0568-0.00620.013-0.00740.00430.00210.41480.030.0370.11360.01050.008716.98751.2402107.2047
20.384-0.1199-0.00130.0666-0.12610.83710.04440.0484-0.00610.02870.0078-0.0093-0.1848-0.123-0.05220.34260.04470.01540.0798-0.00290.042913.153223.6385128.4949
30.1217-0.02180.03230.1150.01220.0124-0.0048-0.0076-0.01210.01390.0148-0.004-0.0090.0043-0.010.2807-0.00140.00770.1552-0.00190.041355.475633.272244.7721
40.3917-0.06140.04040.1406-0.16140.20730.00460.0559-0.0583-0.00230.02310.0260.00490.0205-0.02770.26270.0034-0.00880.1505-0.01110.011433.793818.230921.4197
50.3287-0.0077-0.08730.3104-0.310.3413-0.0185-0.02680.02880.01160.0051-0.01250.0131-0.01410.01340.29470.0010.02420.1353-0.01380.045229.443825.836865.7022
60.37610.0126-0.07710.15110.13280.15970.09450.0096-0.04320.0343-0.0735-0.0248-0.0096-0.0054-0.0210.3414-0.01980.01610.1843-0.00060.051325.618126.866484.9328
70.02330.02360.00250.0589-0.00420.0136-0.00890.020.01220.0151-0.0016-0.0014-0.0228-0.03450.01050.29440.02890.00940.17310.00140.018226.019928.908970.4869
80.06690.04780.01850.0961-0.09780.2473-0.01820.00860.01320.0204-0.00940.0037-0.044-0.04080.02760.28530.04070.02090.1348-0.01520.010430.208226.277781.0559
90.03730.1107-0.06520.3894-0.22510.13220.04210.0152-0.02720.385-0.0354-0.0538-0.2248-0.021-0.00670.4980.0079-0.02380.179-0.03090.05543.899312.4783140.6014
100.2004-0.8158-0.54943.36912.23221.5209-0.0374-0.02650.03420.27170.0967-0.10350.07910.0582-0.05920.27430.03180.01950.16830.0340.165610.380539.905611.7322
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 286
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 288
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8H3 - 73
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 9
10X-RAY DIFFRACTION10J2 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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