PDB-5xv5: Crystal structure of Rib7 mutant S88E from Methanosarcina mazei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xv5

タイトル

Crystal structure of Rib7 mutant S88E from Methanosarcina mazei

要素

Conserved protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rib7 / riboflavin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina mazei (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yeh, T.M. / Chen, S.C. / Chang, T.H. / Huang, M.F. / Liaw, S.H.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Evolution of archaeal Rib7 and eubacterial RibG reductases in riboflavin biosynthesis: Substrate specificity and cofactor preference.
著者: Chen, S.C. / Yen, T.M. / Chang, T.H. / Liaw, S.H.

履歴

登録	2017年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xv5.cif.gz	266.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xv5.ent.gz	215.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xv5_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xv5_full_validation.pdf.gz	490.8 KB	表示
XML形式データ	5xv5_validation.xml.gz	47.9 KB	表示
CIF形式データ	5xv5_validation.cif.gz	66.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xuxSC 5xv0C 5xv2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xv0-3 5xv0-1 5xv0-2 5xv2-1 5xux-2 5xux-1 5xux-3 6p8c-d 2azn-8 4a7x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved protein

B: Conserved protein

C: Conserved protein

D: Conserved protein

E: Conserved protein

F: Conserved protein

157 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved protein

B: Conserved protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Conserved protein

D: Conserved protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Conserved protein

F: Conserved protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.160, 116.160, 380.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 223	13 - 235
2	1	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 223	13 - 235
1	2	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	3 - 223	15 - 235
2	2	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	3 - 223	15 - 235
1	3	SER	SER	LYS	LYS	A	A	0 - 224	12 - 236
2	3	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 224	12 - 236
1	4	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	3 - 223	15 - 235
2	4	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	3 - 223	15 - 235
1	5	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 226	13 - 238
2	5	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 226	13 - 238
1	6	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	3 - 223	15 - 235
2	6	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	3 - 223	15 - 235
1	7	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 223	13 - 235
2	7	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 223	13 - 235
1	8	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	3 - 223	15 - 235
2	8	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	3 - 223	15 - 235
1	9	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 223	13 - 235
2	9	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 223	13 - 235
1	10	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	3 - 223	15 - 235
2	10	ARG	ARG	VAL	VAL	D	D	3 - 223	15 - 235
1	11	ARG	ARG	LYS	LYS	C	C	3 - 224	15 - 236
2	11	ARG	ARG	LYS	LYS	E	E	3 - 224	15 - 236
1	12	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	3 - 223	15 - 235
2	12	ARG	ARG	VAL	VAL	F	F	3 - 223	15 - 235
1	13	ARG	ARG	VAL	VAL	D	D	3 - 223	15 - 235
2	13	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	3 - 223	15 - 235
1	14	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 224	13 - 236
2	14	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 224	13 - 236
1	15	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	3 - 223	15 - 235
2	15	ARG	ARG	VAL	VAL	F	F	3 - 223	15 - 235

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Conserved protein 分子量: 26147.146 Da / 分子数: 6 / 変異: S88E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) (古細菌) 株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88 遺伝子: MM_0826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PYN5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Conserved protein

分子量: 26147.146 Da / 分子数: 6 / 変異: S88E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanosarcina mazei (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) (古細菌)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
遺伝子: MM_0826 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PYN5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20-25 % Tacsimate (pH 7.0), 2 % PEG 3350, and 100 mM HEPES (pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 65992 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.478 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XUX

5xux

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 9.762 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28116	3183	4.8 %	RANDOM
R_work	0.24624	-	-	-
obs	0.24795	62802	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.471 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0.19 Å²	-0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10258	0	0	213	10471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	10379
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	10504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.656	1.992	13938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.6	3	24281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.794	5	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.331	24.823	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.449	15	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.996	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.358	6.214	5404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.358	6.213	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.331	9.301	6744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.331	9.301	6745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.345	6.844	4975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.344	6.844	4976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.751	9.978	7195
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.637	47.529	10723
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.639	47.521	10706
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	27062	0.08
1	2	B	27062	0.08
2	1	A	26828	0.09
2	2	C	26828	0.09
3	1	A	27626	0.08
3	2	D	27626	0.08
4	1	A	27056	0.08
4	2	E	27056	0.08
5	1	A	27930	0.07
5	2	F	27930	0.07
6	1	B	27104	0.07
6	2	C	27104	0.07
7	1	B	26952	0.08
7	2	D	26952	0.08
8	1	B	27240	0.07
8	2	E	27240	0.07
9	1	B	26956	0.08
9	2	F	26956	0.08
10	1	C	26972	0.07
10	2	D	26972	0.07
11	1	C	28242	0.02
11	2	E	28242	0.02
12	1	C	26948	0.07
12	2	F	26948	0.07
13	1	D	27218	0.07
13	2	E	27218	0.07
14	1	D	28552	0.03
14	2	F	28552	0.03
15	1	E	27184	0.07
15	2	F	27184	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	242	-
R_work	0.263	4674	-
obs	-	-	99.84 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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