+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xv5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Rib7 mutant S88E from Methanosarcina mazei | ||||||
Components | Conserved protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Rib7 / riboflavin biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanosarcina mazei (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Yeh, T.M. / Chen, S.C. / Chang, T.H. / Huang, M.F. / Liaw, S.H. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. Biophys. Res. Commun. / Year: 2018 Title: Evolution of archaeal Rib7 and eubacterial RibG reductases in riboflavin biosynthesis: Substrate specificity and cofactor preference. Authors: Chen, S.C. / Yen, T.M. / Chang, T.H. / Liaw, S.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xv5.cif.gz | 266.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5xv5.ent.gz | 215.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xv5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xv5_validation.pdf.gz | 476.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5xv5_full_validation.pdf.gz | 490.8 KB | Display | |
Data in XML | 5xv5_validation.xml.gz | 47.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5xv5_validation.cif.gz | 66.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xv5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5xuxSC 5xv0C 5xv2C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
|