PDB-5xux: Crystal structure of Rib7 from Methanosarcina mazei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xux

タイトル

Crystal structure of Rib7 from Methanosarcina mazei

要素

Conserved protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rib7 / riboflavin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina mazei (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Yeh, T.M. / Chen, S.C. / Chang, T.H. / Huang, M.F. / Liaw, S.H.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Evolution of archaeal Rib7 and eubacterial RibG reductases in riboflavin biosynthesis: Substrate specificity and cofactor preference.
著者: Chen, S.C. / Yen, T.M. / Chang, T.H. / Liaw, S.H.

履歴

登録	2017年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xux.cif.gz	279.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xux.ent.gz	227.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xux_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xux_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5xux_validation.xml.gz	52.5 KB	表示
CIF形式データ	5xux_validation.cif.gz	71.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xv0C 5xv2C 5xv5C 2aznS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xv0-1 5xv0-3 5xv5-1 5xv2-1 5xv0-2 5xv5-2 5xv5-3 2azn-7 6p8c-d 3vt0-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved protein

B: Conserved protein

C: Conserved protein

D: Conserved protein

E: Conserved protein

F: Conserved protein

ヘテロ分子

161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved protein

B: Conserved protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Conserved protein

D: Conserved protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Conserved protein

F: Conserved protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.457, 118.457, 375.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-471- HOH

#1: タンパク質	Conserved protein 分子量: 26105.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) (古細菌) 株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88 遺伝子: MM_0826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PYN5
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20-25 % Tacsimate (pH 7.0), 2 % PEG 3350, and 100 mM HEPES (pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 90715 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.688 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AZN

2azn

解像度: 2.27→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.388 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22825	4451	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19806	-	-	-
obs	0.19958	86239	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.612 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0.08 Å²	-0 Å²
2-	-	0.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.27→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10388	0	288	367	11043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	10832
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	2.02	14611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.888	3	24578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.613	5	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.914	24.653	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.915	15	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.195	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.384	4.797	5474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.384	4.796	5473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.77	7.183	6832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.769	7.185	6833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.824	5.431	5358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.824	5.433	5359
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.678	7.969	7780
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.46	57.092	11398
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.45	57.014	11336
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.269→2.328 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	310	-
R_work	0.264	6302	-
obs	-	-	98.6 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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