ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XSCALE | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | PHENIX | 1.10.1_2155精密化 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4L24 解像度: 1.9→33.216 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 23.84
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2216 | 997 | 9.73 % |
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Rwork | 0.1854 | - | - |
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obs | 0.189 | 10250 | 98.98 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 64.98 Å2 / Biso mean: 41.1742 Å2 / Biso min: 30.96 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→33.216 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 484 | 50 | 23 | 557 |
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Biso mean | - | - | 41.7 | 42.15 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 22 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 540 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.088 | 830 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.047 | 90 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.007 | 24 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d34.381 | 208 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.8988-1.9989 | 0.2381 | 130 | 0.2142 | 1300 | 1430 | 98 | 1.9989-2.1241 | 0.2014 | 150 | 0.1987 | 1327 | 1477 | 100 | 2.1241-2.2881 | 0.2293 | 153 | 0.1958 | 1334 | 1487 | 99 | 2.2881-2.5182 | 0.2248 | 134 | 0.2001 | 1351 | 1485 | 100 | 2.5182-2.8825 | 0.2665 | 135 | 0.2121 | 1335 | 1470 | 100 | 2.8825-3.6309 | 0.2804 | 125 | 0.2161 | 1297 | 1422 | 96 | 3.6309-33.2211 | 0.1838 | 170 | 0.1472 | 1309 | 1479 | 100 |
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