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- PDB-5xtr: Crystal structure of baculoviral sulfhydryl oxidase P33 (R127A, E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xtr
タイトルCrystal structure of baculoviral sulfhydryl oxidase P33 (R127A, E183A mutant)
要素FAD-linked sulfhydryl oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfhydryl oxidase
機能・相同性FAD-linked sulfhydryl oxidase / Baculovirus P33 / thiol oxidase / thiol oxidase activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD-linked sulfhydryl oxidase
機能・相同性情報
生物種Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kuang, W. / Hu, Z. / Gong, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation of ChinaNo. 31570153 中国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Three Conserved Regions in Baculovirus Sulfhydryl Oxidase P33 Are Critical for Enzymatic Activity and Function
著者: Kuang, W. / Zhang, H. / Wang, M. / Zhou, N.Y. / Deng, F. / Wang, H. / Gong, P. / Hu, Z.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-linked sulfhydryl oxidase
B: FAD-linked sulfhydryl oxidase
C: FAD-linked sulfhydryl oxidase
D: FAD-linked sulfhydryl oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,6738
ポリマ－137,5314
非ポリマー3,1424
水4,432246
1
A: FAD-linked sulfhydryl oxidase
C: FAD-linked sulfhydryl oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3374
ポリマ－68,7662
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
2
B: FAD-linked sulfhydryl oxidase
D: FAD-linked sulfhydryl oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3374
ポリマ－68,7662
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.136, 76.204, 80.231
Angle α, β, γ (deg.)84.320, 70.830, 69.270
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
FAD-linked sulfhydryl oxidase / p33


分子量: 34382.789 Da / 分子数: 4 / 変異: R127A, E183A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス)
遺伝子: P33, ORF92 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41480, thiol oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3 / 詳細: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→37.91 Å / Num. obs: 53132 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 1.83 % / Biso Wilson estimate: 37.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.22 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.331.840.2442.254820.3441.2392.9
2.33-2.421.830.2042.60.2881.1693.4
2.42-2.531.830.1673.30.2371.2293.2
2.53-2.671.830.1244.30.1751.1392.8
2.67-2.831.830.0965.30.1361.0893.1
2.83-3.051.840.0836.20.1171.0192.1
3.05-3.361.820.068.80.0851.0988.9
3.36-3.851.790.04911.50.0691.285.1
3.85-4.841.80.04315.20.0611.4984.5
4.84-37.911.830.0416.90.0561.6588.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK9.9.9.4Dデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX1.11.1_2575精密化
d*TREK9.9.9.4Dデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QZY

3qzy


解像度: 2.25→37.883 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2868 2388 4.5 %
Rwork0.2434 --
obs0.2454 53095 90.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.96 Å2 / Biso mean: 41.3415 Å2 / Biso min: 20.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→37.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7805 0 212 246 8263
Biso mean--39.44 43.89 -
残基数----976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99611195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9324712
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.29590.3081320.27813110324292
2.2959-2.34580.3311150.28573059317493
2.3458-2.40040.35461480.29323074322293
2.4004-2.46040.39061530.30053108326193
2.4604-2.52690.37171350.28983063319893
2.5269-2.60130.34411590.28153067322693
2.6013-2.68520.32221410.27943066320793
2.6852-2.78110.31041390.26943078321793
2.7811-2.89250.36031560.27593016317292
2.8925-3.02410.31671330.27643043317692
3.0241-3.18340.35441030.26473008311190
3.1834-3.38270.31281210.24522909303088
3.3827-3.64370.29551440.22312809295385
3.6437-4.01010.23481430.20582762290584
4.0101-4.58950.22961070.20412825293285
4.5895-5.77890.24011520.21962760291284
5.7789-37.88810.26072070.23632950315791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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