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- PDB-5xt3: The catalytic domain of GdpP with c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xt3
タイトルThe catalytic domain of GdpP with c-di-GMP
要素Phosphodiesterase acting on cyclic dinucleotides
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / phosphodiesterase (ホスホジエステラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-di-AMP phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / nucleic acid binding / hydrolase activity / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Cyclic-di-AMP phosphodiesterase GdpP, PAS domain / Cyclic-di-AMP phosphodiesterase GdpP/PdeA / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / : / Cyclic-di-AMP phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.591 Å
データ登録者Wang, F. / Gu, L.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of the catalytic domains of GdpP reveals a unified hydrolysis mechanism for the DHH/DHHA1 phosphodiesterase
著者: Wang, F. / He, Q. / Su, K. / Wei, T. / Xu, S. / Gu, L.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase acting on cyclic dinucleotides
B: Phosphodiesterase acting on cyclic dinucleotides
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0037
ポリマ－75,4582
非ポリマー1,5465
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area28280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.374, 117.042, 130.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphodiesterase acting on cyclic dinucleotides


分子量: 37728.801 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-657 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cdnD, BN1321_430104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0U1MUE2
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP / Cyclic di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG8000, 0.1 M imidazole pH 7.5, 0.2 M calcium acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 26562 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 24.44
反射 シェル解像度: 2.6→43.5 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XSI

5xsi


解像度: 2.591→43.514 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 1305 5.09 %
Rwork0.207 --
obs0.2099 25615 96.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.941 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8171 Å2-0 Å20 Å2
2---27.0984 Å20 Å2
3---28.9155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.591→43.514 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5189 0 95 132 5416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0287286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2751993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5914-2.69510.38851100.24662455X-RAY DIFFRACTION89
2.6951-2.81770.35621440.24392533X-RAY DIFFRACTION92
2.8177-2.96630.31621230.22662607X-RAY DIFFRACTION94
2.9663-3.15210.29891470.22162650X-RAY DIFFRACTION96
3.1521-3.39540.32951430.22042745X-RAY DIFFRACTION98
3.3954-3.73690.27181300.21772766X-RAY DIFFRACTION99
3.7369-4.27720.22391840.17992768X-RAY DIFFRACTION100
4.2772-5.38720.24991710.18482829X-RAY DIFFRACTION100
5.3872-43.52020.23131530.21232957X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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