PDB-5xt2: Crystal structures of full-length FixJ from B. japonicum crystall...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xt2

タイトル

Crystal structures of full-length FixJ from B. japonicum crystallized in space group P212121

要素

Response regulator FixJ

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Response Regulater / FixJ/NarL Family / Full-length / unphosphorylated monomeric state

機能・相同性

機能・相同性情報

Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.652 Å

データ登録者

Nishizono, Y. / Hisano, T. / Shiro, Y. / Sawai, H. / Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Nakamura, H. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

引用

ジャーナル: Sci Signal / 年: 2018
タイトル: Architecture of the complete oxygen-sensing FixL-FixJ two-component signal transduction system.
著者: Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Nishizono, Y. / Hisano, T. / Kamaya, M. / Nukina, K. / Nishitani, H. / Nakamura, H. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. / Shiro, Y. / Sawai, H.

履歴

登録	2017年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xt2.cif.gz	391.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xt2.ent.gz	324.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xsoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yio-d 1q08-d 3cvb-d 2w3o-d 4lxc-4 6aze-d 3wbp-d 2fsa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Response regulator FixJ

B: Response regulator FixJ

C: Response regulator FixJ

D: Response regulator FixJ

E: Response regulator FixJ

ヘテロ分子

118 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator FixJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Response regulator FixJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Response regulator FixJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Response regulator FixJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Response regulator FixJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.722, 137.910, 142.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Response regulator FixJ 分子量: 23355.830 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: fixJ, AF336_29235 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M9B7W0
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.264 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.3 % 解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: pentaerythritol ethoxylate, magnesium formate, glycerol, Tris-HCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 47221 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 28.2 % / B_iso Wilson estimate: 33.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 60.3
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 17.4 % / R_merge(I) obs: 1.127 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2050 / CC_1/2: 0.952 / R_pim(I) all: 0.266 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.652→49.512 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	1995	4.81 %
R_work	0.2062	-	-
obs	0.2083	41518	93.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.652→49.512 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7509	0	74	163	7746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	7689
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.345	10358
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.24	4713
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1354

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6521-2.7184	0.3616	80	0.2674	1689	X-RAY DIFFRACTION	57
2.7184-2.7919	0.3033	103	0.2512	2110	X-RAY DIFFRACTION	70
2.7919-2.8741	0.3421	122	0.2489	2495	X-RAY DIFFRACTION	84
2.8741-2.9668	0.305	154	0.2507	2808	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9668-3.0729	0.2903	146	0.2513	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0729-3.1959	0.3264	148	0.251	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1959-3.3413	0.2815	154	0.2356	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3413-3.5174	0.2867	153	0.2303	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5174-3.7377	0.2562	155	0.2002	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7377-4.0262	0.2388	152	0.1853	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0262-4.4311	0.2101	149	0.166	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4311-5.0718	0.1824	158	0.1627	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0718-6.3877	0.2674	157	0.2159	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3877-49.5209	0.1849	164	0.1866	3207	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6168	0.2196	-0.9568	2.4671	-0.0054	3.4408	-0.1679	0.2001	0.2056	-0.0228	0.0469	-0.2662	-0.2848	0.6187	0.0863	0.2551	-0.0817	0.0347	0.3344	0.0296	0.1639	47.0363	98.0227	93.4458
2	2.7345	3.3899	-3.9486	8.6791	-6.1372	8.0271	0.0194	-0.4974	-0.1674	0.457	-0.3816	-0.2028	-0.124	0.5391	0.3367	0.3281	-0.1594	0.1955	0.7507	0.0191	0.4289	58.2952	104.5517	71.8882
3	2.2176	0.1165	-0.0896	2.5906	-0.9242	4.8866	-0.3178	-0.0275	0.0913	-0.0464	0.1236	0.7546	-0.2054	0.0179	0.1834	0.3262	-0.111	0.0225	0.2873	-0.0438	0.5458	57.9522	109.2985	52.5595
4	1.317	-0.2756	0.2238	1.2745	-0.2144	1.3936	-0.0499	-0.4331	-0.4158	0.6597	0.0707	-0.2423	0.26	0.0137	-0.0482	0.9155	0.1407	-0.3847	0.1177	0.27	-0.0412	6.3412	39.6791	46.2719
5	2.0656	-1.1401	1.7169	2.0026	-8.4571	9.4793	0.1174	0.5955	0.1187	-0.5367	-0.2428	-0.045	0.2469	0.3311	0.1357	0.9299	0.1354	-0.4504	0.6626	0.0866	0.3912	16.4551	33.5469	68.1684
6	4.9851	-0.8373	-0.7027	5.3495	-0.294	6.575	-0.038	-0.3854	-0.2175	0.1157	-0.0662	0.4192	0.7277	0.039	0.0363	0.528	-0.0433	-0.2553	0.4368	0.0736	0.446	17.2684	29.5109	87.3541
7	3.9746	0.2218	0.7081	2.7033	-0.0389	2.5962	-0.1662	0.1273	0.4472	-0.5995	0.1217	0.8932	-0.0279	0.066	0.0327	0.278	-0.0416	-0.1759	0.316	-0.0757	0.5982	53.4424	84.5759	52.2907
8	7.7246	6.0807	-5.5923	7.5034	-4.1703	7.5618	-0.1259	0.3209	-0.3168	-0.4951	-0.0736	-0.572	0.1296	0.3354	0.1795	0.5907	0.0969	0.268	0.5004	-0.1183	0.2704	45.7268	77.1111	74.682
9	6.4798	0.72	0.2026	6.1252	-0.0955	5.0968	-0.2465	0.0445	-0.5188	0.0464	0.0234	0.5119	0.4564	-0.1916	0.213	0.228	0.0024	0.0761	0.1781	-0.052	0.2463	33.6958	76.6672	89.977
10	3.7515	0.5762	0.1439	1.8899	-0.1933	3.8395	0.4293	-0.1794	0.5257	-0.0076	-0.1331	1.4892	-0.5563	-0.5496	-0.2362	0.4343	0.0808	-0.0551	0.3578	-0.0846	0.9618	15.2086	54.5666	87.9854
11	2.002	-7.3081	6.1544	6.6278	-6.2694	6.2192	-0.0311	-0.7627	-0.1176	0.5094	0.0554	-0.4393	0.2294	0.2234	-0.0353	0.7259	0.1731	-0.3652	0.534	-0.1312	0.4386	6.1419	61.708	64.8416
12	6.362	-0.2319	-0.5914	8.4379	0.2914	5.764	-0.35	-0.0721	0.0305	0.0671	-0.0058	0.6581	0.1361	-0.4587	0.2969	0.1842	0.0749	0.0081	0.4186	-0.0959	0.3082	-6.178	61.6972	50.1287
13	1.8932	0.1982	-0.158	1.7793	-0.0521	0.9354	0.1298	-0.6045	0.0118	0.5705	-0.1189	-0.1744	0.0063	-0.0834	0.0188	0.6217	-0.2723	-0.2702	0.5075	-0.0408	1.4133	22.329	69.9422	46.8784
14	1.6761	-0.8586	1.3997	0.4406	-0.7186	1.1645	0.0409	0.0372	-0.4006	-0.5075	0.2676	1.2736	0.3281	-0.3342	-0.3062	0.6855	-0.4044	-0.215	1.126	0.1113	1.7625	34.2044	93.8694	39.6207
15	2.2793	1.4474	-1.0218	1.2777	-1.336	2.7169	0.0357	0.2415	0.0941	-0.1432	0.1903	0.4736	0.0831	-0.7537	-0.2072	0.4081	-0.0504	-0.3047	0.6048	0.2115	1.5973	42.0144	111.4722	36.918

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 141 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 204 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 124 through 141 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 142 through 204 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 124 through 141 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 142 through 204 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 3 through 123 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 124 through 141 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 142 through 204 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 2 through 123 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 124 through 141 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 142 through 204 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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