[日本語] English
万見
- PDB-5xsk: Crystal structure of PWWP-DNA complex for human hepatoma-derived ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xsk
タイトルCrystal structure of PWWP-DNA complex for human hepatoma-derived growth factor
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*A)-3')
  • Hepatoma-derived growth factor
キーワードHORMONE / Growth factor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-7 / positive regulation of cell division / protein localization to nucleus / transcription repressor complex / tubulin binding / transcription corepressor binding / growth factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription corepressor activity / heparin binding ...cellular response to interleukin-7 / positive regulation of cell division / protein localization to nucleus / transcription repressor complex / tubulin binding / transcription corepressor binding / growth factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription corepressor activity / heparin binding / negative regulation of neuron apoptotic process / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotide binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Hepatoma-derived growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Chen, L.Y. / Huang, Y.C. / Hsieh, Y.C. / Lin, P.J. / Chen, C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PWWP-DNA complex at 2.84 Angstroms resolution
著者: Chen, L.Y. / Huang, Y.C. / Hsieh, Y.C. / Lin, P.J.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*AP*A)-3')
A: Hepatoma-derived growth factor
B: Hepatoma-derived growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7956
ポリマ－33,5594
非ポリマー2362
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area14600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)32.402, 32.402, 205.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*A)-3')


分子量: 3013.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: Codon Plus RIL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus RIL
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3075.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: Codon Plus RIL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus RIL
#3: タンパク質 Hepatoma-derived growth factor / HDGF


分子量: 13735.487 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hdgf / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus RIL / 参照: UniProt: Q8VHK7
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.83 % / 解説: extended dimeric shape with DNA
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Sodium nitrate, Sodium phosphate dibasic, Ammonium sulfate, Tris, Bicine, MPD, PEG 1000, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→30 Å / Num. obs: 5853 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 17.25
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Rsym value: 0.507 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XSL

5xsl


解像度: 2.84→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 21.851 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.482 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26922 278 5.1 %RANDOM
Rwork0.1911 ---
obs0.19519 5138 93.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.297 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.84→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1477 410 16 0 1903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0171997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.7652772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09333900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1355179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.51924.52173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.77615268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg33.214154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6134.261722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6124.257721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3796.384899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3786.388900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9115.0721275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.915.0731276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6617.5091874
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.9440.8552354
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.94140.8642355
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.826→2.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 15 -
Rwork0.254 230 -
obs--54.81 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る