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- PDB-5xsl: Crystal structure of the PWWP domain of human hepatoma-derived gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xsl
タイトルCrystal structure of the PWWP domain of human hepatoma-derived growth factor
要素Hepatoma-derived growth factor
キーワードHORMONE / Growth factor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-7 / positive regulation of cell division / protein localization to nucleus / transcription repressor complex / tubulin binding / transcription corepressor binding / growth factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription corepressor activity / heparin binding ...cellular response to interleukin-7 / positive regulation of cell division / protein localization to nucleus / transcription repressor complex / tubulin binding / transcription corepressor binding / growth factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription corepressor activity / heparin binding / negative regulation of neuron apoptotic process / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotide binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatoma-derived growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen, L.Y. / Huang, Y.C. / Hsieh, Y.C. / Lin, P.J. / Chen, C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PWWP domain at 3.3 Angstroms resolution
著者: Chen, L.Y. / Huang, Y.C. / Hsieh, Y.C. / Lin, P.J.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatoma-derived growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7351
ポリマ－13,7351
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.490, 79.490, 105.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Hepatoma-derived growth factor / HDGF


分子量: 13735.487 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hdgf / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon plus-RIL / 参照: UniProt: Q8VHK7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, Tris, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 3320 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 21.89
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / CC1/2: 0.958 / Rsym value: 0.705 / Χ2: 0.94 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QBY

3qby


解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 23.06 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.161 / ESU R Free: 0.477 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28218 166 5.4 %RANDOM
Rwork0.22542 ---
obs0.22854 2898 93.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.808 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20.48 Å20 Å2
2--0.95 Å2-0 Å2
3----3.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数699 0 0 3 702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.019722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.952970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04731540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.846583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48124.44436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.83515124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.272152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.077.145338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0627.15337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.210.659419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.19110.652420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9327.451384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9267.447385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.10610.948552
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.79955.29835
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.79455.288836
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.296→3.382 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 5 -
Rwork0.236 127 -
obs--58.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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