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- PDB-5xsf: Crystal structure of the 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xsf
タイトルCrystal structure of the 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase of Zymomonas mobilis ZM4 with 3-phosphoglycerate
要素KHG/KDPG aldolase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(4S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KDPG/KHG aldolase, active site 2 / KDPG and KHG aldolases Schiff-base forming residue. / KDPG/KHG aldolase, active site 1 / KDPG and KHG aldolases active site. / KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / PHOSPHATE ION / KHG/KDPG aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.962 Å
データ登録者Seo, P.W. / Kim, J.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase of Zymomonas mobilis ZM4
著者: Seo, P.W. / Kim, J.S.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KHG/KDPG aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0775
ポリマ－21,5971
非ポリマー4804
水2,702150
1
A: KHG/KDPG aldolase
ヘテロ分子

A: KHG/KDPG aldolase
ヘテロ分子

A: KHG/KDPG aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,23215
ポリマ－64,7923
非ポリマー1,44012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation59_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation80_555-z,x,-y1
Buried area7210 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.299, 186.299, 186.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

21A-494-

HOH

31A-532-

HOH

41A-535-

HOH

51A-547-

HOH

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要素

#1: タンパク質 KHG/KDPG aldolase


分子量: 21597.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア)
株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: eda, kdgA, ZMO0997 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00384, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-3PY / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / ヒドロキシピルビン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M CAPS (pH 10.5), 0.2M Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.962→35.853 Å / Num. obs: 20372 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 18.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5xse

5xse


解像度: 1.962→35.853 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 18.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 815 4 %
Rwork0.1907 --
obs0.1916 20372 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.962→35.853 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1511 0 28 150 1689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6582160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.567968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9625-2.08540.27281320.24663167X-RAY DIFFRACTION100
2.0854-2.24640.24221330.21933198X-RAY DIFFRACTION100
2.2464-2.47240.22341330.19843199X-RAY DIFFRACTION100
2.4724-2.830.19431350.20083230X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.5650.25021370.18813294X-RAY DIFFRACTION100
3.565-35.85920.181450.17093469X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.9983 Å / Origin y: 25.1353 Å / Origin z: -34.2592 Å
111213212223313233
T0.2525 Å20.0253 Å2-0.1242 Å2-0.1222 Å2-0.0514 Å2--0.3197 Å2
L1.3496 °2-0.0459 °20.6798 °2-0.8253 °2-0.2678 °2--1.3252 °2
S-0.0332 Å °-0.104 Å °0.2013 Å °-0.2026 Å °-0.0159 Å °0.1768 Å °-0.0425 Å °0.0557 Å °-0.036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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