PDB-5xrw: Crystal structure of flagellar motor switch complex from H. pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xrw

タイトル

Crystal structure of flagellar motor switch complex from H. pylori

要素

FliN
FliY

キーワード

MOTOR PROTEIN / motor switch complex / C-ring

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum basal body / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Xue, C. / Lam, K.H. / Au, S.W.N.

資金援助

香港,

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Three SpoA-domain proteins interact in the creation of the flagellar type III secretion system inHelicobacter pylori.
著者: Lam, K.H. / Xue, C. / Sun, K. / Zhang, H. / Lam, W.W.L. / Zhu, Z. / Ng, J.T.Y. / Sause, W.E. / Lertsethtakarn, P. / Lau, K.F. / Ottemann, K.M. / Au, S.W.N.

履歴

登録	2017年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.number_obs
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xrw.cif.gz	135.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xrw.ent.gz	108.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xrw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xrw_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xrw_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	5xrw_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	5xrw_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/5xrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/5xrw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a90-d 2y4v-d 2qzb-2 2qzb-1 5m3d-1 2k7a-d 6wn7-1 3dnj-d 1oqj-d 3awr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FliN

B: FliN

C: FliY

D: FliY

34.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FliN

C: FliY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
17.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FliN

D: FliY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.210, 49.210, 52.370
Angle α, β, γ (deg.)	69.340, 82.980, 76.010
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
1	2	chain C
2	2	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ASN	ASN	chain A	A	A	44 - 122	1 - 79
2	1	SER	SER	ASN	ASN	chain B	B	B	44 - 122	1 - 79
1	2	LEU	LEU	LYS	LYS	chain C	C	C	209 - 286	2 - 79
2	2	PRO	PRO	LYS	LYS	chain D	D	D	208 - 286	1 - 79

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	FliN 分子量: 8747.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25306*PLUS
#2: タンパク質	FliY 分子量: 8680.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25674*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.96 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris HCl pH 8.5 and 30% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.42 Å / Num. all: 25061 / Num. obs: 13192 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.23 Å² / Net I/σ(I): 6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ収集
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→25.374 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.09 / 位相誤差: 24.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	671	5.09 %
R_work	0.2026	-	-
obs	0.204	13190	87.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.27 Å² / B_iso mean: 43.1804 Å² / B_iso min: 14.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→25.374 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2408	0	0	78	2486
B_iso mean	-	-	-	47.47	-
残基数	-	-	-	-	315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2425
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.217	3269
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	416
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.844	918

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	726	X-RAY DIFFRACTION	4.211	TORSIONAL
1	2	B	726	X-RAY DIFFRACTION	4.211	TORSIONAL
2	1	C	730	X-RAY DIFFRACTION	4.211	TORSIONAL
2	2	D	730	X-RAY DIFFRACTION	4.211	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5001-2.693	0.3004	133	0.2609	2565	2698	90
2.693-2.9636	0.2906	140	0.2563	2532	2672	89
2.9636-3.3916	0.2771	129	0.2316	2521	2650	88
3.3916-4.2697	0.2057	141	0.1871	2454	2595	86
4.2697-25.3753	0.1758	128	0.1603	2447	2575	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3622	-0.0358	-0.1485	0.112	0.1326	0.1288	-0.5406	0.2408	-0.0029	0.2944	0.1869	0.1964	0.3728	0.0802	-0.2017	0.2025	-0.0132	-0.0406	0.217	0.0032	0.23	-58.1468	-12.5559	-26.8053
2	0.2128	0.0758	-0.0797	0.8056	-0.2438	0.1604	-0.564	-0.1386	0.4597	0.0419	-0.1196	-0.0903	-0.3379	0.1182	-0.8887	0.2904	-0.1696	-0.2711	0.1019	-0.0108	0.2857	-45.9727	-5.4624	-12.4985
3	0.5187	-0.1497	0.0642	0.387	-0.6633	1.371	0.0238	0.4004	-0.0056	0.02	-0.2574	-0.5393	0.2912	0.3227	-0.9946	0.2032	0.1006	0.0932	0.3669	-0.0641	0.0629	-50.8754	-13.2132	-30.4268
4	2.1858	-0.0178	1.444	0.6054	-0.2047	1.1135	-0.1753	0.7636	0.4351	-0.046	-0.0794	0.0124	-0.3267	0.5095	-0.1077	0.3048	0.0248	0.0935	0.2613	0.0371	0.2441	-57.1436	-11.7667	-37.8886
5	0.2289	-0.07	0.364	1.2034	0.1066	1.0597	-0.0356	0.713	0.1714	-0.2378	-0.3806	-0.1248	-0.4484	0.3313	-0.1426	0.2071	-0.0522	-0.0488	0.4142	0.0446	0.2812	-57.7562	-8.4708	-40.8837
6	0.345	0.0288	0.1381	0.0482	-0.0253	0.0948	-0.1884	-0.1521	-0.346	0.0728	0.0839	-0.367	0.1651	0.0235	-0.0105	0.3035	0.0137	-0.0609	0.2844	-0.1191	0.542	-70.002	-23.368	-33.8229
7	0.376	-0.049	0.1494	0.244	-0.2039	0.1097	0.2985	-0.4339	-0.2286	0.2103	-0.3447	-0.1802	-0.0232	0.0058	-0.0033	0.2701	-0.018	0.0266	0.2539	0.0182	0.1982	-49.5895	-38.419	-40.9513
8	0.4559	0.0719	0.1582	0.0372	0.1369	0.5162	0.1039	0.0623	-0.1959	0.1058	0.1596	0.3074	0.3468	-0.0083	0.0147	0.2728	-0.1418	-0.0109	0.1597	0.0536	0.167	-56.7534	-48.0789	-49.3914
9	0.5989	-0.1114	0.1989	0.5003	0.1124	0.1266	0.237	-0.2361	0.256	0.4838	-0.2059	0.0599	-0.0652	-0.1667	0.0451	0.1573	0.0471	0.1151	0.1977	0.0363	0.2003	-51.4277	-29.3168	-44.284
10	0.5281	0.8565	0.0538	1.4323	0.2229	0.3708	-0.2203	0.1091	-0.0557	-0.5225	0.4273	-0.0012	-0.0054	0.1385	0.0199	0.2583	0.0018	-0.015	0.2771	0.0074	0.3429	-43.6411	-23.8131	-48.3811
11	0.5339	0.095	0.6143	0.0692	-0.056	0.9608	-0.0643	-0.416	-0.2215	-0.223	0.1022	-0.0768	-0.1247	-0.2363	0.0061	0.223	-0.0489	0.0166	0.2554	-0.0278	0.1917	-37.462	-22.3674	-42.3418
12	1.158	0.1919	-0.0362	0.4271	0.1569	1.0218	-0.2441	0.019	-0.0749	0.2281	-0.292	0.0058	0.2766	-0.1062	-1.2904	0.2954	-0.0567	-0.0091	0.2617	0.0928	0.0538	-52.5524	-13.7631	-19.1783
13	0.2603	-0.3558	0.0435	0.4797	-0.0807	0.0088	-0.5092	-0.1437	-0.1871	0.081	-0.0875	0.3289	0.0298	0.0009	-0.5333	-0.0636	0.0498	-0.2331	0.3379	0.084	0.3634	-66.3387	-7.4463	-33.637
14	0.5377	0.1184	0.5951	0.1341	-0.3514	2.1528	-0.1048	0.5036	-0.0377	0.1351	-0.4398	0.2715	-0.5314	0.1749	-0.1975	0.248	0.0217	-0.0717	0.2551	0.0116	0.3573	-66.0079	-11.267	-41.3226
15	0.9309	0.0075	0.0926	0.1392	0.1897	0.9435	-0.4945	0.003	0.7243	-0.1475	0.0776	0.0981	-0.0533	0.1827	-0.3239	0.2767	-0.1641	-0.0234	0.1984	0.0443	0.3446	-55.8993	-2.8524	-25.8897
16	0.1805	0.0388	0.1991	-0.0043	0.0396	0.1823	0.1267	0.2506	0.0954	0.0998	0.1207	-0.1907	-0.3221	0.2239	0.0121	0.3283	-0.0351	-0.0102	0.2568	0.0273	0.3093	-50.2624	-3.3023	-23.8085
17	0.0893	0.0015	-0.2463	0.5255	-0.5031	1.1337	-0.274	0.1723	0.2267	0.1606	-0.2326	-0.3279	-0.2969	0.4972	-0.4157	0.1254	0.0354	-0.0742	0.5013	0.0458	0.3144	-45.5707	-3.5975	-24.8216
18	0.0092	0.0205	-0.0064	0.5121	-0.2965	0.2234	-0.0384	-0.1415	-0.031	0.1349	-0.0983	-0.049	-0.1307	-0.1306	-0.5393	0.348	0.6631	-0.2712	0.7816	0.1529	0.1274	-56.6817	-4.3458	-8.1905
19	0.1264	-0.0143	0.2867	0.9692	0.7437	1.2417	0.5069	-0.3708	0.2145	0.6882	-0.0894	-0.3522	0.4282	-0.1902	0.4845	0.2554	-0.0361	0.0334	0.146	0.037	0.2434	-44.6521	-35.446	-41.8872
20	0.2577	-0.0243	0.1499	0.4529	0.4441	0.3883	-0.1876	0.0776	0.0154	-0.1838	0.2081	-0.1465	0.0425	0.1052	0.0087	0.2774	-0.0043	0.0338	0.157	-0.0101	0.1966	-42.7871	-32.3492	-49.4446
21	0.194	0.1846	-0.2389	0.2047	-0.2012	0.1386	0.0967	0.1409	-0.02	-0.1203	-0.1195	-0.1779	0.1701	-0.1213	-0	0.3016	-0.0194	-0.0116	0.1936	-0.062	0.2863	-52.0081	-46.4201	-45.8361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 58 )	A	44 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 69 )	A	59 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 70 through 87 )	A	70 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 98 )	A	88 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 99 through 109 )	A	99 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 110 through 122 )	A	110 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 44 through 64 )	B	44 - 64
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 65 through 69 )	B	65 - 69
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 70 through 87 )	B	70 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 88 through 98 )	B	88 - 98
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 99 through 122 )	B	99 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 209 through 217 )	C	209 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 218 through 224 )	C	218 - 224
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 225 through 240 )	C	225 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 241 through 253 )	C	241 - 253
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 254 through 264 )	C	254 - 264
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 265 through 275 )	C	265 - 275
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 276 through 286 )	C	276 - 286
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 208 through 224 )	D	208 - 224
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 225 through 264 )	D	225 - 264
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 265 through 286 )	D	265 - 286

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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