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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xql
タイトルCrystal structure of a Pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator
要素Multidrug-efflux transporter 1 regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Pseudomonas aeruginosa / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integron-associated effector binding protein / Integron-associated effector binding protein / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. ...Integron-associated effector binding protein / Integron-associated effector binding protein / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Transcriptional regulator / Transcriptional regulator BrlR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.494 Å
データ登録者Raju, H. / Sharma, R.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of BrlR with c-di-GMP
著者: Raju, H. / Sharma, R.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8213
ポリマ－33,4401
非ポリマー1,3812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.944, 135.944, 95.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Multidrug-efflux transporter 1 regulator / Transcriptional regulator


分子量: 33439.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: bmrR, AO964_25340, AOY09_00728, B0B20_02615, PAERUG_E15_London_28_01_14_00871, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_01154
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q416, UniProt: Q9HUT5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.15 M Mg Cl2, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→35.07 Å / Num. obs: 12920 / % possible obs: 81.4 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 20.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2747精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.494→35.051 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 648 5.02 %
Rwork0.2323 --
obs0.2345 12913 81.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.494→35.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 0 92 0 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9193215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.072892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4936-2.68610.3831700.31051303X-RAY DIFFRACTION44
2.6861-2.95630.3966980.3052040X-RAY DIFFRACTION69
2.9563-3.38370.30261420.26522802X-RAY DIFFRACTION94
3.3837-4.2620.26441760.21892988X-RAY DIFFRACTION100
4.262-35.05470.22771620.19693132X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1690.14610.01260.4231-0.00540.00210.0533-0.2509-0.09540.3343-0.14810.08510.07880.0829-0.15020.43590.00160.20150.2190.0490.2825220.2214159.077344.1208
23.60051.77380.58640.91090.34560.18380.14220.285-0.1853-0.3011-0.0306-0.0684-0.01470.0248-0.00490.46420.1299-0.01720.1758-0.00540.2646203.9455131.231631.2596
30.9361-0.4040.23511.8133-0.16030.5974-0.02250.07170.3103-0.11380.0158-0.1996-0.1437-0.0248-0.01620.1989-0.00060.00640.13950.05240.2487164.247132.344417.1187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 270 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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