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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xqg | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a PL 26 exo-rhamnogalacturonan lyase from Penicillium chrysogenum complexed with unsaturated galacturonosyl rhamnose | |||||||||
要素 | Pcrglx protein | |||||||||
キーワード | LYASE / exo-rhamnogalacturonan lyase / enzyme / pectin / SAD / Se | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Penicillium chrysogenum (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Kunishige, Y. / Iwai, M. / Tada, T. / Nishimura, S. / Sakamoto, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018 タイトル: Crystal structure of exo-rhamnogalacturonan lyase from Penicillium chrysogenum as a member of polysaccharide lyase family 26 著者: Kunishige, Y. / Iwai, M. / Nakazawa, M. / Ueda, M. / Tada, T. / Nishimura, S. / Sakamoto, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xqg.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xqg.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xqg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xqg_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xqg_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xqg_validation.xml.gz | 230.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xqg_validation.cif.gz | 324.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/5xqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/5xqg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 100681.797 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 22-927 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium chrysogenum (菌類) / 遺伝子: Pcrglx, EN45_041150 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C6EFY4, UniProt: B6H7Q7*PLUS #2: 多糖 | 2,6-anhydro-3-deoxy-L-threo-hex-2-enonic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.3M Sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→171.19 Å / Num. obs: 257925 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.79 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 5.93 / Num. unique obs: 6996 / CC1/2: 0.964 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5XQ3 解像度: 2.74→171.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.155 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.975 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.203 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.74→171.19 Å
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拘束条件 |
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