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- PDB-5xpw: Structure of amphioxus IgVJ-C2 molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xpw
タイトルStructure of amphioxus IgVJ-C2 molecule
要素amphioxus IgVJ-C2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin superfamily / dimmer
機能・相同性
機能・相同性情報


dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / axon guidance / axon / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Chen, R. / Qi, J. / Zhang, N. / Zhang, L. / Yao, S. / Wu, Y. / Jiang, B. / Wang, Z. / Yuan, H. / Zhang, Q. / Xia, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
the China Ministry of Science and Technology2013CB835302 中国
the State Key Program of the National Natural Science Foundation of China31230074 中国
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2018
タイトル: Discovery and Analysis of Invertebrate IgVJ-C2 Structure from Amphioxus Provides Insight into the Evolution of the Ig Superfamily.
著者: Chen, R. / Zhang, L. / Qi, J. / Zhang, N. / Zhang, L. / Yao, S. / Wu, Y. / Jiang, B. / Wang, Z. / Yuan, H. / Zhang, Q. / Xia, C.
履歴
登録2017年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: amphioxus IgVJ-C2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8571
ポリマ－19,8571
非ポリマー00
水1,29772
1
A: amphioxus IgVJ-C2

A: amphioxus IgVJ-C2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7142
ポリマ－39,7142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.755, 41.755, 213.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 amphioxus IgVJ-C2 / amphioxus IgVJ-C2


分子量: 19856.754 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 20-199 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
遺伝子: BRAFLDRAFT_122935 / 発現宿主: Escherichia coli 042 (大腸菌) / 株 (発現宿主): 042 / 参照: UniProt: C3ZN36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS (pH 5.5), 25% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.98051 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 15493 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Num. measured obs: 15268 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.003→34.253 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 734 5.02 %
Rwork0.2261 --
obs0.2281 14607 94.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.747 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9517 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.9517 Å20 Å2
3----11.9034 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.003→34.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1389 0 0 72 1461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8281948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.159499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0029-2.15750.2791250.24672411X-RAY DIFFRACTION85
2.1575-2.37460.29591590.23052693X-RAY DIFFRACTION94
2.3746-2.71810.25671370.23172848X-RAY DIFFRACTION98
2.7181-3.4240.22751530.1872948X-RAY DIFFRACTION100
3.424-34.25780.27411600.23532973X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.5601 Å / Origin y: 4.4873 Å / Origin z: 10.6224 Å
111213212223313233
T0.3462 Å20.0243 Å2-0.0005 Å2-0.3263 Å20.0213 Å2--0.3387 Å2
L0.1433 °20.0473 °20.0945 °2-0.1927 °20.0077 °2--0.2233 °2
S-0.0628 Å °-0.0275 Å °-0.0723 Å °0.0591 Å °0.002 Å °-0.0754 Å °-0.0551 Å °0.1397 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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