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- PDB-5xpn: Crystal structure of VDR-LBD complexed with 25RS-(hydroxyphenyl)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xpn
タイトルCrystal structure of VDR-LBD complexed with 25RS-(hydroxyphenyl)-25-methoxy-2-methylidene-19,26,27-trinor-1-hydroxyvitamin D3
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / vitamin D3 / VDR / VDRE / RXR / co-factors
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / negative regulation of phosphate transmembrane transport / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of intracellular receptors / retinal pigment epithelium development ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / negative regulation of phosphate transmembrane transport / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of intracellular receptors / retinal pigment epithelium development / G0 to G1 transition / Nuclear Receptor transcription pathway / thyroid hormone receptor signaling pathway / response to bile acid / mammary gland branching involved in thelarche / dense fibrillar component / core mediator complex / positive regulation of parathyroid hormone secretion / cell-cell junction maintenance / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / cellular response to vitamin D / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / positive regulation of hepatocyte proliferation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of keratinocyte differentiation / nuclear retinoic acid receptor binding / vitamin D binding / mediator complex / thyroid hormone generation / Generic Transcription Pathway / response to aldosterone / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / embryonic hindlimb morphogenesis / negative regulation of ossification / nuclear vitamin D receptor binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / lens development in camera-type eye / nuclear thyroid hormone receptor binding / intestinal absorption / embryonic hemopoiesis / megakaryocyte development / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / negative regulation of neuron differentiation / histone acetyltransferase binding / RSV-host interactions / LBD domain binding / regulation of calcium ion transport / mammary gland branching involved in pregnancy / nuclear steroid receptor activity / decidualization / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / animal organ regeneration / negative regulation of keratinocyte proliferation / monocyte differentiation / general transcription initiation factor binding / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ubiquitin ligase complex / nuclear retinoid X receptor binding / fat cell differentiation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / retinoic acid receptor signaling pathway / keratinocyte differentiation / erythrocyte development / intracellular receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / heterochromatin / lactation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / T-tubule / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / positive regulation of erythrocyte differentiation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / animal organ morphogenesis / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / skeletal system development / transcription coregulator activity / apoptotic signaling pathway / Heme signaling / promoter-specific chromatin binding / liver development / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8BO / Chem-9RO / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Kato, A. / Itoh, T. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Vitamin D Analogues with a p-Hydroxyphenyl Group at the C25 Position: Crystal Structure of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Complexed with the Ligand Explains the Mechanism ...タイトル: Vitamin D Analogues with a p-Hydroxyphenyl Group at the C25 Position: Crystal Structure of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Complexed with the Ligand Explains the Mechanism Underlying Full Antagonistic Action
著者: Kato, A. / Yamao, M. / Hashihara, Y. / Ishida, H. / Itoh, T. / Yamamoto, K.
履歴
登録2017年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1554
ポリマ－32,1662
非ポリマー9892
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: We have reported cell based assay for the assembly of VDR and co-activator. Bioconjug. Chem. 2016, 27, 1750-1761.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.740, 43.160, 42.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 116-423 / 変異: deletion mutant(residues 165-211) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Activator-recruited cofactor 205 kDa component / ARC205 / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome ...Activator-recruited cofactor 205 kDa component / ARC205 / Mediator complex subunit 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein / PPAR-binding protein / Thyroid hormone receptor-associated protein complex 220 kDa component / Trap220 / Thyroid receptor-interacting protein 2 / TRIP-2 / Vitamin D receptor-interacting protein complex component DRIP205 / p53 regulatory protein RB18A


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 640-652 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: MED1, ARC205, CRSP1, CRSP200, DRIP205, DRIP230, PBP, PPARBP, PPARGBP, RB18A, TRAP220, TRIP2
発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q15648*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-8BO / (1~{R},3~{R})-5-[(2~{E})-2-[(1~{R},3~{a}~{S},7~{a}~{R})-1-[(2~{R},6~{S})-6-(4-hydroxyphenyl)-6-methoxy-hexan-2-yl]-7~{a}-methyl-2,3,3~{a},5,6,7-hexahydro-1~{H}-inden-4-ylidene]ethylidene]-2-methylidene-cyclohexane-1,3-diol / 25RS-(hydroxyphenyl)-25-methoxy-2-methylidene-19,26,27-trinor-1-hydroxyvitamin D3


分子量: 494.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H46O4
#4: 化合物 ChemComp-9RO / (1~{R},3~{R})-5-[(2~{E})-2-[(1~{R},3~{a}~{S},7~{a}~{R})-1-[(2~{R},6~{R})-6-(4-hydroxyphenyl)-6-methoxy-hexan-2-yl]-7~{a}-methyl-2,3,3~{a},5,6,7-hexahydro-1~{H}-inden-4-ylidene]ethylidene]-2-methylidene-cyclohexane-1,3-diol


分子量: 494.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H46O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細The two isomers 8BO and 9RO differ in configuration at C27. 8BO has S configuration at C27, but 9RO ...The two isomers 8BO and 9RO differ in configuration at C27. 8BO has S configuration at C27, but 9RO has R configuration at C27.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MOPS-Na, Na-Formate, PEG 4000, Ethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→32.95 Å / Num. obs: 18216 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 8.8

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→32.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.347 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 919 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.21 17130 90.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.08 Å20 Å2-1.05 Å2
2--3.62 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→32.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 72 158 2231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192119
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8722.0232869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88434834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5985247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88924.55690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.65815385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9711511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8633.286997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8633.284996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2374.9021241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2364.9041242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4823.6551122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.483.6541123
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3035.3141629
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.29527.1012552
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.30326.9512530
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.02 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 61 -
Rwork0.273 1387 -
obs--98.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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