PDB-5xp7: C-Src in complex with ATP-CHCl

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xp7

タイトル

C-Src in complex with ATP-CHCl

要素

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

キーワード

TRANSFERASE / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / cytoskeleton / endosome membrane / cell adhesion / regulation of cell cycle / cell cycle / phosphorylation / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.012 Å

データ登録者

Guo, M. / Dai, S. / Duan, Y. / Chen, L. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Remarkably Stereospecific Utilization of ATP alpha , beta-Halomethylene Analogues by Protein Kinases.
著者: Ni, F. / Kung, A. / Duan, Y. / Shah, V. / Amador, C.D. / Guo, M. / Fan, X. / Chen, L. / Chen, Y. / McKenna, C.E. / Zhang, C.

履歴

登録	2017年6月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xp7.cif.gz	242.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xp7.ent.gz	193.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xp7_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xp7_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5xp7_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	5xp7_validation.cif.gz	38.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/5xp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/5xp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xp5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3en4-2 3g5d-1 4d5h-1 3el8-1 3f6x-2 3qlf-1 6e6e-3 5k9i-1 6tfv-1 2qlq-1 3g5d-2 6npv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

ヘテロ分子

66.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.276, 63.978, 74.003
Angle α, β, γ (deg.)	101.03, 89.83, 90.60
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src 分子量: 32726.645 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 251-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-8C6 / [(R)-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]-chloranyl-methyl]phosphonic acid 分子量: 459.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₆ClN₅O₉P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→36.6 Å / Num. obs: 48688 / % possible obs: 96.46 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 13.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.012→36.551 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	2013	4.14 %
R_work	0.1679	-	-
obs	0.1692	48676	96.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.012→36.551 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4342	0	6	399	4747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.205	6042
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.61	1669
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	765

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.012-2.0624	0.2848	131	0.233	2908	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0624-2.1181	0.2499	145	0.2117	3379	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1181-2.1804	0.2328	140	0.1979	3351	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1804-2.2508	0.2363	143	0.2002	3357	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2508-2.3312	0.292	151	0.1989	3375	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3312-2.4245	0.2239	140	0.1863	3328	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4245-2.5349	0.2073	144	0.1807	3390	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5349-2.6685	0.2176	150	0.1772	3410	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6685-2.8356	0.2097	146	0.1775	3360	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8356-3.0544	0.2306	149	0.1804	3401	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0544-3.3616	0.213	144	0.1749	3363	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3616-3.8476	0.1759	147	0.1547	3393	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8476-4.8458	0.1583	140	0.1356	3286	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8458-36.5574	0.1652	143	0.1538	3362	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1774	0.0434	-0.0532	2.5902	1.6232	3.6262	-0.0926	-0.2095	0.1255	0.9874	0.1351	0.0443	0.2443	-0.2219	-0.0457	0.7532	0.0161	-0.0295	0.4547	-0.0157	0.3217	7.2939	10.9803	48.837
2	1.2428	-0.5686	-0.3166	3.4226	1.5759	2.5886	-0.0547	-0.1683	0.1072	0.5489	0.0384	-0.1745	0.249	-0.0369	-0.0075	0.2661	-0.0324	-0.0296	0.1999	0.0143	0.1913	8.8658	5.1772	34.8207
3	4.1444	0.5078	0.8568	1.7015	0.0462	3.3645	0.0111	-0.1558	-0.2093	0.516	-0.1166	0.4663	0.3374	-0.6108	0.1867	0.38	-0.0404	0.1236	0.3987	-0.0559	0.4291	-9.039	5.4798	31.6513
4	2.3071	-0.5694	-0.6223	4.201	0.1571	2.1289	0.0238	0.3275	-0.0229	-0.2047	-0.207	0.4045	-0.028	-0.3616	0.1153	0.178	-0.0475	-0.0158	0.2765	-0.0487	0.2031	0.8433	1.2493	18.4332
5	0.6024	-1.6796	-0.5553	5.1227	1.7884	2.9909	0.0428	0.1219	0.5902	-1.1164	0.4604	-0.395	-1.8144	0.0162	-0.3508	1.3091	0.1296	-0.0244	0.6946	-0.0261	0.5041	7.5951	-18.4184	-8.0905
6	7.1361	-1.8262	-0.952	6.2626	-0.19	3.4181	0.0051	0.5422	0.941	-0.682	0.1135	-0.7452	-1.2118	0.3751	-0.0754	1.0424	-0.1188	-0.0272	0.672	-0.0624	0.449	13.727	-21.3355	-5.5344
7	1.2145	0.3721	-0.0811	3.7016	-0.0947	2.4181	-0.019	0.1355	0.0982	-0.6899	0.0401	0.2516	-0.0596	-0.0512	-0.0409	0.2649	0.0444	-0.0533	0.221	-0.0023	0.2284	7.3653	-27.7108	7.2281
8	4.2012	1.0044	2.2342	1.4987	-0.2791	3.3932	0.028	0.1718	-0.3081	-0.4438	-0.0052	-0.5737	0.054	0.455	0.0452	0.2719	0.0354	0.0815	0.3517	0.0141	0.4213	25.1923	-26.5838	10.854
9	1.8934	0.7294	-0.3141	4.3074	0.4059	1.2542	0.0708	-0.2869	-0.0632	0.1934	-0.1478	-0.2718	0.0226	0.1835	0.0621	0.1673	0.0343	-0.0204	0.2475	0.0444	0.1819	14.8644	-30.5778	24.4092

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 257 through 324 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 325 through 402 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 403 through 440 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 441 through 533 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 256 through 286 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 287 through 316 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 317 through 402 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 403 through 440 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 441 through 533 )

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