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- PDB-5xp1: Structure of monomeric mutant of REI immunoglobulin light chain v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xp1
タイトルStructure of monomeric mutant of REI immunoglobulin light chain variable domain crystallized at pH 6
要素Immunoglobulin kappa variable 1D-33
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 1D-33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Mine, S. / Nakamura, T. / Uegaki, K. / Hamada, D.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
JSPS26440076 日本
JSPS23107721 日本
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Heat-induced native dimerization prevents amyloid formation by variable domain from immunoglobulin light-chain REI
著者: Nawata, M. / Tsutsumi, H. / Kobayashi, Y. / Unzai, S. / Mine, S. / Nakamura, T. / Uegaki, K. / Kamikubo, H. / Kataoka, M. / Hamada, D.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年8月2日ID: 5B3C
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin kappa variable 1D-33
B: Immunoglobulin kappa variable 1D-33
C: Immunoglobulin kappa variable 1D-33
D: Immunoglobulin kappa variable 1D-33
E: Immunoglobulin kappa variable 1D-33
F: Immunoglobulin kappa variable 1D-33
G: Immunoglobulin kappa variable 1D-33
H: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5708
ポリマ－95,5708
非ポリマー00
水21612
1
A: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9461
ポリマ－11,9461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9461
ポリマ－11,9461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9461
ポリマ－11,9461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9461
ポリマ－11,9461
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9461
ポリマ－11,9461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9461
ポリマ－11,9461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9461
ポリマ－11,9461
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Immunoglobulin kappa variable 1D-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9461
ポリマ－11,9461
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.760, 130.760, 92.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: 抗体
Immunoglobulin kappa variable 1D-33 / Ig kappa chain V-I region AG / Ig kappa chain V-I region Bi / Ig kappa chain V-I region Lay / Ig ...Ig kappa chain V-I region AG / Ig kappa chain V-I region Bi / Ig kappa chain V-I region Lay / Ig kappa chain V-I region Ni / Ig kappa chain V-I region Rei / Ig kappa chain V-I region Roy / Ig kappa chain V-I region Scw / Ig kappa chain V-I region WAT


分子量: 11946.266 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 22-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKV1D-33 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01593
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細Authors state that the structure was based on the sequence of UNP P01607 as well as the structure ...Authors state that the structure was based on the sequence of UNP P01607 as well as the structure 1REI, which is updated by P01593 at present. Therefore, the structure has a mutation Y96K. Other conflicts are due to sequence conflicts of P01607.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 6.0, 18% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.12M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→17.961 Å / Num. obs: 35217 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 65.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.88→2.93 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 5153 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
iMOSFLMV7.0.9データ削減
SCALAV3.3.20データスケーリング
MOLREPV11.0.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q20

2q20


解像度: 2.88→17.961 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2972 1763 5.01 %
Rwork0.2567 --
obs0.2588 35191 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→17.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6657 0 0 12 6669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9379249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9554098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-2.98250.38691600.33773376X-RAY DIFFRACTION100
2.9825-3.10140.41741770.33953291X-RAY DIFFRACTION100
3.1014-3.24170.39651650.32533317X-RAY DIFFRACTION100
3.2417-3.41150.37381820.32493333X-RAY DIFFRACTION100
3.4115-3.62360.35291910.31643336X-RAY DIFFRACTION100
3.6236-3.90080.28961790.28683327X-RAY DIFFRACTION100
3.9008-4.28850.30751750.24613328X-RAY DIFFRACTION100
4.2885-4.8980.23321880.21073333X-RAY DIFFRACTION100
4.898-6.130.26891750.2243381X-RAY DIFFRACTION100
6.13-17.96160.24721710.2093406X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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