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- PDB-5xoj: Crystal structure of Xpo1p-PKI-Nup42p-Gsp1p-GTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xoj
タイトルCrystal structure of Xpo1p-PKI-Nup42p-Gsp1p-GTP complex
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein
  • Nup42p
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
キーワードGTP BINDING PROTEIN / exportin / nucleoporin
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear export signal receptor activity / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to kinetochore / spindle pole body / U4 snRNA binding / nuclear export / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / nuclear import signal receptor activity / negative regulation of protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling ...nuclear export signal receptor activity / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to kinetochore / spindle pole body / U4 snRNA binding / nuclear export / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / nuclear import signal receptor activity / negative regulation of protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / protein kinase A catalytic subunit binding / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein export from nucleus / kinetochore / small GTPase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-1, C-terminal / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / CRM1 C terminal / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 ...Exportin-1, C-terminal / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / CRM1 C terminal / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / Exportin-1 / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Koyama, M. / Shirai, N. / Matsuura, Y.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the Xpo1p nuclear export complex bound to the SxFG/PxFG repeats of the nucleoporin Nup42p
著者: Koyama, M. / Hirano, H. / Shirai, N. / Matsuura, Y.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein
C: Exportin-1
D: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
E: Nup42p
F: Nup42p
G: Nup42p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,4938
ポリマ－158,9456
非ポリマー5472
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10270 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area48970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.640, 107.560, 149.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein / Gsp1p


分子量: 20672.861 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-182 / 変異: Q71L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain AWRI796) (パン酵母)
株: AWRI796 / 遺伝子: AWRI796_3356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7KFU1
#2: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 120270.070 Da / 分子数: 1 / 変異: residues 377-413 deleted / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822
#3: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 8022.581 Da / 分子数: 1 / 変異: S35L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKIA, PRKACN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61925

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 EFG

#4: タンパク質・ペプチド Nup42p


分子量: 3326.603 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain FostersB) (パン酵母)
参照: UniProt: E7Q297

-
非ポリマー , 3種, 496分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: PEG20000, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→31.582 Å / Num. obs: 81567 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.7 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.2-2.240.79820.560.40396.4
11.43-31.580.03225.40.9980.01693.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WYG

3wyg


解像度: 2.2→31.582 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 4145 5.09 %
Rwork0.1909 --
obs0.1924 81506 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.09 Å2 / Biso mean: 40.6537 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→31.582 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9723 0 33 494 10250
Biso mean--26.49 44.34 -
残基数----1212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65613486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4723656
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2250.33061390.30172511265097
2.225-2.25120.30071260.28532519264596
2.2512-2.27860.27911440.26972490263496
2.2786-2.30740.27021400.25422521266197
2.3074-2.33780.27371440.25242519266396
2.3378-2.36980.27531190.24122538265797
2.3698-2.40360.26781480.23512534268297
2.4036-2.43950.25531390.2282534267397
2.4395-2.47760.27551270.21572568269597
2.4776-2.51820.30291370.22652523266097
2.5182-2.56160.26571400.21812570271097
2.5616-2.60820.25051330.21532542267598
2.6082-2.65830.2621290.2152553268297
2.6583-2.71260.26521140.20932580269498
2.7126-2.77150.23151310.2022567269898
2.7715-2.83590.20561430.19992582272597
2.8359-2.90680.22191460.19812561270798
2.9068-2.98530.24621430.19662563270698
2.9853-3.07310.23611290.19532584271398
3.0731-3.17220.23841550.18652570272598
3.1722-3.28550.19851160.19232625274198
3.2855-3.41690.19681500.18162565271598
3.4169-3.57220.2241390.1692575271498
3.5722-3.76020.19751600.17032627278798
3.7602-3.99540.21221510.16332595274698
3.9954-4.30320.181430.15662616275998
4.3032-4.73490.17711160.1532671278799
4.7349-5.41710.19941440.16632656280099
5.4171-6.81370.22631410.20472715285699
6.8137-31.58490.16041590.1642787294698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6025-0.6523-0.58610.9796-0.93471.9349-0.0972-0.31460.40520.0662-0.02760.1051-0.20180.13420.09270.21150.0552-0.06010.1928-0.02820.2581-4.527126.3381-32.7518
22.68231.07860.71734.93310.50085.2822-0.2007-0.56980.01740.8695-0.12270.3844-0.288-0.21050.36260.41140.1267-0.03530.284-0.06970.3272-5.056725.4987-20.5642
30.5601-0.53540.10820.4871-0.29060.7354-0.461-0.4670.25490.66530.3212-0.2367-0.7407-0.45620.09750.48540.0644-0.14680.1566-0.10750.4127-5.357428.4188-25.0615
45.7581.4271-0.18171.6053-0.81361.9242-0.2905-0.06980.1630.08990.2385-0.1647-0.5222-0.16730.09220.35090.0707-0.05020.2047-0.02150.2451-8.681127.1202-33.2185
51.6104-0.7933-0.07440.4631-0.40081.92320.00680.2829-0.03810.0351-0.06870.1703-0.3247-0.07980.11830.28550.0567-0.05770.1486-0.0040.2366-9.141327.0744-40.1253
61.9851-0.30490.22161.47-1.37744.5872-0.025-0.0386-0.1004-0.17790.00590.16270.2444-0.28370.01960.13520.0137-0.02930.1345-0.02730.195-5.090811.8108-36.8742
74.7781.22964.65851.14162.01635.2420.00450.4026-0.1101-0.4931-0.1341-0.1932-0.52040.3590.22250.29240.0666-0.04930.2324-0.04880.2352-1.013724.5871-45.5133
82.0515-0.3409-0.45841.3776-0.12392.4363-0.1469-0.1435-0.09950.18990.0633-0.0254-0.07710.05970.11420.20470.0184-0.02490.15920.00570.20893.047912.9674-30.1017
93.50191.2315-0.3062.87530.20792.5842-0.25220.04460.22350.0215-0.1274-0.5191-0.8770.54960.34510.283-0.0495-0.0910.21540.04270.33519.027827.9987-32.2347
100.6258-0.22-1.64162.4871.87498.1334-0.1245-0.3020.13590.1332-0.0242-0.5650.2180.71450.11680.4314-0.0106-0.12240.44890.05180.528313.682330.9984-26.1367
111.1553-1.0601-0.19342.28030.49991.55670.16510.2052-0.1088-0.1232-0.11190.11080.0176-0.258-0.04360.29360.0478-0.0590.2774-0.01690.2837-20.129435.3898-46.111
121.9489-0.1307-0.13881.3301-0.11321.64840.01330.20480.1059-0.3082-0.00540.198-0.1419-0.0961-0.0060.38390.0789-0.09220.213-0.01640.2185-8.932119.8983-62.5583
133.0132-0.38130.61071.89890.53743.04480.07380.2619-0.1466-0.2155-0.1879-0.1956-0.01690.07270.10030.2020.04350.060.22550.02710.18610.296411.8749-60.325
141.6227-0.32230.37751.5934-0.70832.73040.02280.15710.1059-0.2063-0.0689-0.18770.02870.23240.06810.1579-0.04160.05090.22050.04850.17923.38467.0317-46.8185
151.7179-0.9862-2.04760.72661.42282.3818-0.105-0.11250.08020.37350.18440.18520.0675-0.0963-0.050.39970.03780.02370.42390.07560.26358.72219.3488-18.0734
160.89230.358-0.16550.6096-0.19622.1570.1334-0.1937-0.01450.2023-0.1061-0.1429-0.10940.2307-0.01080.2247-0.0665-0.08190.28370.03210.209524.86312.027-10.028
172.2091-0.10460.32291.08350.07771.41130.1761-0.39390.00130.3437-0.09120.181-0.1406-0.0931-0.08640.3514-0.06730.08220.35240.03290.2863-7.60150.63163.7072
181.4216-0.22070.53811.695-0.60241.63440.04270.03390.04950.01770.10440.1085-0.0435-0.2645-0.12950.1827-0.01010.03260.35330.05540.33-20.6687-1.0597-13.0494
191.1176-0.2607-0.08970.96740.2931.62550.1024-0.3474-0.1220.0805-0.06980.29610.0346-0.1707-0.01760.287-0.0773-0.04540.43120.09160.5097-26.7181-3.7871-27.8788
201.11450.4804-0.20841.5983-0.28961.3706-0.04650.0426-0.1754-0.58880.16420.47020.3945-0.4039-0.09520.4297-0.1068-0.1670.3815-0.00010.5237-28.8298-4.5373-46.1391
213.3601-4.54642.84636.9114-2.24375.7436-0.0314-0.2486-1.08010.04660.1124-0.55380.74520.6065-0.09260.4413-0.0356-0.09070.72560.1920.561137.9691-4.5046-5.3469
222.7746-0.25750.6667.87660.18843.78440.0945-0.14040.39480.2022-0.2033-0.4414-0.04980.50490.16540.3397-0.2272-0.16430.70140.0580.237934.42813.6684-2.4584
230.38411.1271-0.49223.7299-0.40423.2004-0.0458-0.2295-0.08410.2118-0.1955-0.9471-0.37620.88240.24360.9427-0.285-0.02920.5665-0.02710.502633.735916.6614-0.6477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:26)A10 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 27:36)A27 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 37:60)A37 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 61:73)A61 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 74:89)A74 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 90:108)A90 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 109:119)A109 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 120:160)A120 - 160
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 161:173)A161 - 173
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 174:179)A174 - 179
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 10:71)C10 - 71
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 72:213)C72 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 214:262)C214 - 262
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 266:433)C266 - 433
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 434:468)C434 - 468
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 469:652)C469 - 652
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 653:807)C653 - 807
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 808:873)C808 - 873
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 874:958)C874 - 958
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 959:1054)C959 - 1054
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 34:38)D34 - 38
22X-RAY DIFFRACTION22(chain D and resid 39:45)D39 - 45
23X-RAY DIFFRACTION23(chain D and resid 46:52)D46 - 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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