+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xoj | ||||||
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Title | Crystal structure of Xpo1p-PKI-Nup42p-Gsp1p-GTP complex | ||||||
Components |
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Keywords | GTP BINDING PROTEIN / exportin / nucleoporin | ||||||
Function / homology | Function and homology information Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / tRNA re-export from nucleus / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / nuclear export signal receptor activity / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / tRNA export from nucleus / protein localization to kinetochore / U4 snRNA binding / nuclear export / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity ...Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / tRNA re-export from nucleus / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / nuclear export signal receptor activity / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / tRNA export from nucleus / protein localization to kinetochore / U4 snRNA binding / nuclear export / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / spindle pole body / nuclear import signal receptor activity / negative regulation of protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A catalytic subunit binding / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / U2 snRNA binding / mRNA export from nucleus / U6 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / U1 snRNA binding / protein export from nucleus / kinetochore / small GTPase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Koyama, M. / Shirai, N. / Matsuura, Y. | ||||||
Citation | Journal: Genes Cells / Year: 2017 Title: Crystal structure of the Xpo1p nuclear export complex bound to the SxFG/PxFG repeats of the nucleoporin Nup42p Authors: Koyama, M. / Hirano, H. / Shirai, N. / Matsuura, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xoj.cif.gz | 511.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xoj.ent.gz | 412.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xoj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xoj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xoj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3wygS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ACD
#1: Protein | Mass: 20672.861 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-182 / Mutation: Q71L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain AWRI796) (yeast) Strain: AWRI796 / Gene: AWRI796_3356 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E7KFU1 |
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#2: Protein | Mass: 120270.070 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: residues 377-413 deleted Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P30822 |
#3: Protein | Mass: 8022.581 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S35L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PKIA, PRKACN1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61925 |
-Protein/peptide , 1 types, 3 molecules EFG
#4: Protein/peptide | Mass: 3326.603 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Saccharomyces cerevisiae (strain FostersB) (yeast) References: UniProt: E7Q297 |
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-Non-polymers , 3 types, 496 molecules
#5: Chemical | ChemComp-GTP / |
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#6: Chemical | ChemComp-MG / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 52.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.7 / Details: PEG20000, Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Dec 4, 2012 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→31.582 Å / Num. obs: 81567 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.4 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 4.7 %
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3WYG Resolution: 2.2→31.582 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.9
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.09 Å2 / Biso mean: 40.6537 Å2 / Biso min: 11.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→31.582 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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