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- PDB-5xnz: Crystal structure of CreD complex with fumarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xnz
タイトルCrystal structure of CreD complex with fumarate
要素CreD
キーワードLYASE / fumarase / cremeomycin / nitrous acid
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrosuccinate lyase / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / antibiotic biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal ...3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FUMARIC ACID / Nitrosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces cremeus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Katsuyama, Y. / Sato, Y. / Sugai, Y. / Higashiyama, Y. / Senda, M. / Senda, T. / Ohnishi, Y.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science25850048 日本
Japan Society for the Promotion of Science16K14908 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of JapanNC-CARP 日本
Platform project for supporting in Drug Discovery and Life Science Research 日本
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the nitrosuccinate lyase CreD in complex with fumarate provides insights into the catalytic mechanism for nitrous acid elimination
著者: Katsuyama, Y. / Sato, Y. / Sugai, Y. / Higashiyama, Y. / Senda, M. / Senda, T. / Ohnishi, Y.
履歴
登録2017年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CreD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0373
ポリマ－50,8051
非ポリマー2322
水81145
1
A: CreD
ヘテロ分子

A: CreD
ヘテロ分子

A: CreD
ヘテロ分子

A: CreD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,14812
ポリマ－203,2204
非ポリマー9298
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area30480 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area52030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.570, 97.680, 124.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 CreD


分子量: 50804.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cremeus (バクテリア)
遺伝子: creD / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0K2JL82
#2: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.2-8.5 containing 1.8-2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.85 Å / Num. obs: 39878 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.97 % / Biso Wilson estimate: 35.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.08
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.367.1320.4854.5729770.9590.52299.7
2.36-2.427.1020.4235.3528570.9680.456100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XNY

5xny


解像度: 2.3→19.85 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2326 1997 5.01 %Random selection
Rwork0.1807 ---
obs0.1832 39866 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 16 45 3137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8674290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2552490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.27791420.22712695X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.42110.27351460.21012694X-RAY DIFFRACTION100
2.4211-2.49220.27011450.22612721X-RAY DIFFRACTION100
2.4922-2.57250.34061430.21352716X-RAY DIFFRACTION100
2.5725-2.66420.26061460.21762698X-RAY DIFFRACTION100
2.6642-2.77060.23061400.19842692X-RAY DIFFRACTION100
2.7706-2.89640.3091400.20342711X-RAY DIFFRACTION100
2.8964-3.04850.21771430.2152723X-RAY DIFFRACTION100
3.0485-3.23880.28281440.20182703X-RAY DIFFRACTION100
3.2388-3.48760.21381410.18742702X-RAY DIFFRACTION100
3.4876-3.83630.23921430.17232702X-RAY DIFFRACTION100
3.8363-4.38620.18651450.14052693X-RAY DIFFRACTION100
4.3862-5.50650.19721410.16122715X-RAY DIFFRACTION100
5.5065-19.85040.21441380.162704X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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