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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xnr | ||||||
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タイトル | Truncated AlyQ with CBM32 and alginate lyase domains | ||||||
![]() | AlyQ | ||||||
![]() | LYASE / Alginate lyase / CBM32 | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teh, A.H. / Sim, P.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functional and Structural Studies of a Multidomain Alginate Lyase from Persicobacter sp. CCB-QB2. 著者: Sim, P.F. / Furusawa, G. / Teh, A.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1uaiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43963.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 44分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | Sequence of the protein has been deposited to NCBI with accession number WP_053404615. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 30% PEG 3350, 0.1M sodium acetate pH 4.0, 0.2M potassium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→37.19 Å / Num. obs: 22663 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1UAI 解像度: 2.3→37.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 9.508 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.244
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.67 Å2 / Biso mean: 39.063 Å2 / Biso min: 23.44 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→37.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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