PDB-5xnk: Crystal structure of Microcystis aeruginosa PCC 7806 aspartate ra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xnk

タイトル

Crystal structure of Microcystis aeruginosa PCC 7806 aspartate racemase in complex with DL-methyl-aspartate

要素

McyF

キーワード

ISOMERASE / aspartate racemase / McyF / microcystin

機能・相同性

amino-acid racemase activity / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / (2S,3S)-3-methyl-aspartic acid / 3-METHYL-BETA-D-ASPARTIC ACID / McyF

機能・相同性情報

生物種

Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Cao, D.D. / Zhou, K. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-function Analyses of a Cyanobacterial Aspartate Racemase Reveal Its Catalytic Mechanism and Substrate Specificity
著者: Cao, D.D. / Zhou, C.Z.

履歴

登録	2017年5月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xnk.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xnk.ent.gz	42.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xnk_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xnk_full_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示
XML形式データ	5xnk_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	5xnk_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wxxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xnj-1 5wxz-1 5nnb-1 2vzx-1 4mlm-d 3svu-5 2vzx-2 4bn0-1 3cx4-d 6s68-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: McyF

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: McyF

ヘテロ分子

A: McyF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.046, 129.046, 43.898
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	McyF / McyF protein 分子量: 29229.668 Da / 分子数: 1 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア) 遺伝子: mcyF, IPF_371 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RNB4
#2: 化合物	ChemComp-2AS / (2S,3S)-3-methyl-aspartic acid / (3S)-3-メチル-L-アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACB / 3-METHYL-BETA-D-ASPARTIC ACID / (3S)-3-methyl-D-aspartic acid / D-METHYL ASPARTIC ACID / (3S)-3-メチル-D-アスパラギン酸タイプ: D-beta-peptide, C-gamma linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / Density meas: 34.76 Mg/m³ / 溶媒含有率: 65.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→111.76 Å / Num. obs: 5683 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 9.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WXX

5wxx

解像度: 3.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 22.046 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.441 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21735	274	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17895	-	-	-
obs	0.18085	5409	95.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.789 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6 Å²	-0.8 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.6 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1786	0	20	4	1810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	2.005	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.851	3	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.643	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.075	25.733	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.143	15	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.421	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.86	8.445	913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.86	8.445	913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.75	12.65	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.749	12.65	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.705	8.82	923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.704	8.82	923
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.679	13.084	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.509	65.745	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.51	65.759	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.405→3.493 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	26	-
R_work	0.255	367	-
obs	-	-	94.02 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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