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万見
- PDB-5xnh: Crystal structure of the branched-chain polyamine synthase (BpsA)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xnh
タイトルCrystal structure of the branched-chain polyamine synthase (BpsA) in complex with spermidine
要素N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
キーワードTRANSFERASE / Polyamine biosynthesis / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase / rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / polyamine biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase, C-terminal / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A C-terminal domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase, C-terminal / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A C-terminal domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPERMIDINE / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Mizohata, E. / Tse, K.M. / Fujita, J. / Inoue, T.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Active site geometry of a novel aminopropyltransferase for biosynthesis of hyperthermophile-specific branched-chain polyamine.
著者: Hidese, R. / Tse, K.M. / Kimura, S. / Mizohata, E. / Fujita, J. / Horai, Y. / Umezawa, N. / Higuchi, T. / Niitsu, M. / Oshima, T. / Imanaka, T. / Inoue, T. / Fujiwara, S.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
H: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2385
ポリマ－84,8922
非ポリマー3463
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.869, 78.783, 79.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A


分子量: 42445.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: bpsA, TK1691 / プラスミド: pET28a
詳細 (発現宿主): N-terminal HisTag/thrombin digestion site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21CodonPlus(DE3)RIL
参照: UniProt: Q5JIZ3, N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細In chain A, residue numbers 344, 345 are simply skipped. In chain H, residue numbers 345-347 are ...In chain A, residue numbers 344, 345 are simply skipped. In chain H, residue numbers 345-347 are simply skipped.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Sodium chloride, 0.1M Tris pH 8.5, 12 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50.01 Å / Num. obs: 47518 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 12.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.95→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.439 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22493 1964 4.9 %RANDOM
Rwork0.17122 ---
obs0.17391 38437 84.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å2-0 Å20.24 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5478 0 21 164 5663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0195615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8041.9647600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.094312372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6755674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01223.636275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.46715980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5831548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0312.2922708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0292.2922707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9983.4193375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9983.423376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9622.7542907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9612.7542908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7763.9774225
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.20344.03323823
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.19844.04123728
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.949→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 108 -
Rwork0.202 1530 -
obs--46.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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