PDB-5xnb: Crystal structure of the IcmS-IcmW-DotL complex of the Legionella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xnb

タイトル

Crystal structure of the IcmS-IcmW-DotL complex of the Legionella type IVb secretion system

要素

DotL
IcmS protein
IcmW

キーワード

PROTEIN BINDING / Binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

protein transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.594 Å

データ登録者

Xu, J. / Xu, D. / Zhu, Y.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	31370722	中国
National Natural Science Foundation of China	81530068	中国
National Natural Science Foundation of China	81322024	中国
National Natural Science Foundation of China	81561130162	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of The IcmS-IcmW Complex in the Legionella Type IVb Secretion System
著者: Xu, J. / Xu, D. / Wan, M. / Yin, L. / Wang, X. / Wu, L. / Liu, Y. / Liu, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.

履歴

登録	2017年5月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xnb.cif.gz	430.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xnb.ent.gz	354.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xnb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5x1e-1 6nwn-2 6lg2-d 1f4x-d 6czb-2 5o7d-d 1mfb-d 6czc-1 2p9q-2 4z03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DotL

B: IcmS protein

C: IcmW

D: DotL

E: IcmS protein

F: IcmW

G: DotL

H: IcmS protein

I: IcmW

J: DotL

K: IcmS protein

L: IcmW

M: DotL

N: IcmS protein

O: IcmW

P: DotL

Q: IcmS protein

R: IcmW

ヘテロ分子

257 kDa, 18 ポリマー
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1

A: DotL

B: IcmS protein

C: IcmW

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: DotL

E: IcmS protein

F: IcmW

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: DotL

H: IcmS protein

I: IcmW

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 3 ポリマー
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4

J: DotL

K: IcmS protein

L: IcmW

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 3 ポリマー
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5

M: DotL

N: IcmS protein

O: IcmW

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.7 kDa, 3 ポリマー
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6

P: DotL

Q: IcmS protein

R: IcmW

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.862, 135.862, 125.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	DotL / IcmO protein 分子量: 12632.252 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 661-773 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: dotL, icmO / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O54524, UniProt: Q5ZYC6*PLUS
#2: タンパク質	IcmS protein / Protein of uncharacterised function (DUF3773) / Type IV secretion protein IcmS 分子量: 12753.623 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: icmS, A9P85_02475, ERS240541_02334, ERS240560_01730, ERS253249_00859, lpymg_00458, PtVF89_00590 プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O54636
#3: タンパク質	IcmW / IcmW protein 分子量: 17349.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: icmW / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48800, UniProt: Q5ZS31*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M MgCl2 and 0.05 M KBr

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.59→33.27 Å / Num. obs: 79957 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.839 % / B_iso Wilson estimate: 43.98 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 11.55

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.59-2.75	3.741	0.737	2.01	12713	0.662	0.86	98
2.75-2.94	3.886	0.463	3.2	12230	0.821	0.537	100
2.94-3.17	3.89	0.279	5.21	11298	0.926	0.323	99.9
3.17-3.48	3.866	0.154	9.02	10428	0.978	0.179	99.9
3.48-3.88	3.84	0.088	15.04	9435	0.991	0.102	99.7
3.88-4.48	3.839	0.061	20.6	8304	0.996	0.071	99.8
4.48-5.47	3.842	0.055	22.59	7061	0.996	0.064	99.9
5.47-7.69	3.806	0.055	22.17	5445	0.997	0.064	99.8
7.69-33.27	3.814	0.029	37.11	3043	0.999	0.034	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.594→33.27 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 29.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2821	4008	5.02 %
R_work	0.2227	-	-
obs	0.2256	79888	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / B_sol: 31.125 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.86 Å² / B_iso mean: 46.03 Å² / B_iso min: 11.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0079 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.0079 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.3913 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.594→33.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17266	0	70	284	17620
B_iso mean	-	-	53.44	33.66	-
残基数	-	-	-	-	2196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	17607
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.713	23781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2722
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.662	6760

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5942-2.6247	0.3653	117	0.3279	2428	2545	91
2.6247-2.6567	0.431	136	0.346	2611	2747	100
2.6567-2.6903	0.4169	166	0.3161	2586	2752	100
2.6903-2.7257	0.3354	133	0.2901	2682	2815	100
2.7257-2.763	0.3102	128	0.2797	2631	2759	100
2.763-2.8025	0.3638	135	0.2716	2645	2780	100
2.8025-2.8443	0.2915	145	0.2615	2595	2740	100
2.8443-2.8887	0.2889	120	0.2424	2674	2794	100
2.8887-2.936	0.3436	135	0.2566	2591	2726	100
2.936-2.9866	0.3285	156	0.2584	2613	2769	100
2.9866-3.0409	0.3347	156	0.2573	2622	2778	100
3.0409-3.0994	0.3345	135	0.2634	2617	2752	100
3.0994-3.1626	0.3316	151	0.2581	2618	2769	100
3.1626-3.2313	0.3295	151	0.25	2605	2756	100
3.2313-3.3064	0.3188	129	0.2584	2683	2812	100
3.3064-3.389	0.3301	134	0.2486	2581	2715	100
3.389-3.4805	0.2973	136	0.2357	2669	2805	100
3.4805-3.5828	0.3047	132	0.2199	2634	2766	100
3.5828-3.6983	0.2645	137	0.2076	2611	2748	99
3.6983-3.8303	0.2502	134	0.1992	2612	2746	100
3.8303-3.9834	0.2683	140	0.2067	2620	2760	99
3.9834-4.1644	0.247	127	0.202	2618	2745	100
4.1644-4.3835	0.2489	148	0.1935	2651	2799	100
4.3835-4.6575	0.2468	124	0.1857	2625	2749	100
4.6575-5.016	0.2346	143	0.1901	2649	2792	100
5.016-5.5187	0.2863	133	0.2121	2603	2736	100
5.5187-6.3125	0.2763	147	0.2443	2603	2750	100
6.3125-7.9353	0.2589	151	0.1976	2629	2780	100
7.9353-33.2731	0.1823	129	0.1618	2574	2703	98

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