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万見
- PDB-5xmz: Verticillium effector PevD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xmz
タイトルVerticillium effector PevD1
要素Effector protein PevD1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Verticillium / effector / PevD1
機能・相同性Alternaria alternata allergen 1 / Alternaria alternata allergen 1 / Alt a 1 (AA1)-like domain profile. / symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / extracellular region / Effector protein PevD1
機能・相同性情報
生物種Verticillium dahliae (菌類)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Liu, X. / Zhou, R.
引用ジャーナル: J. Exp. Bot. / 年: 2017
タイトル: The asparagine-rich protein NRP interacts with the Verticillium effector PevD1 and regulates the subcellular localization of cryptochrome 2
著者: Zhou, R. / Zhu, T. / Han, L. / Liu, M. / Xu, M. / Liu, Y. / Han, D. / Qiu, D. / Gong, Q. / Liu, X.
履歴
登録2017年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Effector protein PevD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3163
ポリマ－16,2401
非ポリマー762
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.000, 79.489, 55.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-364-

HOH

21A-390-

HOH

31A-410-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Effector protein PevD1 / Hypersensitive response-inducing protein PevD1


分子量: 16240.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Verticillium dahliae (菌類) / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: G0Y276
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 0.5M Sodium Formate, Tris pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 11198 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 15.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→35.805 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 533 4.79 %
Rwork0.2017 --
obs0.2044 11133 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数932 0 2 122 1056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2391290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.177343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.848-2.0340.25671190.18592614X-RAY DIFFRACTION99
2.034-2.32830.26621350.19772661X-RAY DIFFRACTION100
2.3283-2.93320.28241390.22622659X-RAY DIFFRACTION99
2.9332-35.81150.24721400.19432666X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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