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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xm3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Methanol dehydrogenase from Methylophaga aminisulfidivorans | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / marine / methanol dehydrogenase / methylophaga / pyrroloquinoline quinone / Mg++ | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity => GO:0052933 / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity => GO:0052933 / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity => GO:0052933 / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å | ||||||
データ登録者 | Cao, T.P. / Choi, J.M. / Lee, S.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Microbiol. / 年: 2018 タイトル: The crystal structure of methanol dehydrogenase, a quinoprotein from the marine methylotrophic bacterium Methylophaga aminisulfidivorans MPT 著者: Cao, T.P. / Choi, J.M. / Kim, S.W. / Lee, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xm3.cif.gz | 555.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xm3.ent.gz | 452.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xm3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xm3_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xm3_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xm3_validation.xml.gz | 54.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xm3_validation.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/5xm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/5xm3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1w6sS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69341.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) 遺伝子: MAMP_01209 発現宿主: Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) 参照: UniProt: A3FJ48 #2: タンパク質 | 分子量: 9978.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) 遺伝子: MAMP_01202 発現宿主: Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) 参照: UniProt: A3FJ51, methanol dehydrogenase (cytochrome c) #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 10%(v/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 140904 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 24.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.827 / Num. unique obs: 6897 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1W6S 解像度: 1.701→34.724 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.701→34.724 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.8433 Å / Origin y: -1.0738 Å / Origin z: 27.8722 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |