PDB-5xm3: Crystal Structure of Methanol dehydrogenase from Methylophaga ami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xm3

タイトル

Crystal Structure of Methanol dehydrogenase from Methylophaga aminisulfidivorans

要素

Glucose dehydrogenase
Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / marine / methanol dehydrogenase / methylophaga / pyrroloquinoline quinone / Mg++

機能・相同性

機能・相同性情報

methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.701 Å

データ登録者

Cao, T.P. / Choi, J.M. / Lee, S.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: J. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of methanol dehydrogenase, a quinoprotein from the marine methylotrophic bacterium Methylophaga aminisulfidivorans MPT
著者: Cao, T.P. / Choi, J.M. / Kim, S.W. / Lee, S.H.

履歴

登録	2017年5月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct / struct_keywords Item: _citation.journal_issue / _citation.journal_volume ..._citation.journal_issue / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _struct.pdbx_descriptor / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xm3.cif.gz	555.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xm3.ent.gz	452.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xm3_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xm3_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5xm3_validation.xml.gz	54.1 KB	表示
CIF形式データ	5xm3_validation.cif.gz	80.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/5xm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/5xm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w6sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ad6-d 2ad8-d 4tqo-2 4tqo-3 1h4i-d 2ad7-d 4tqo-1 2d0v-2 4aah-d 1w6s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucose dehydrogenase

B: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2

C: Glucose dehydrogenase

D: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.926, 109.479, 95.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glucose dehydrogenase / Methanol dehydrogenase large subunit 分子量: 69341.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) 遺伝子: MAMP_01209 発現宿主: Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) 参照: UniProt: A3FJ48
#2: タンパク質	Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 / MDH small subunit beta / MDH-associated peptide / MEDH 分子量: 9978.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) 遺伝子: MAMP_01202 発現宿主: Methylophaga aminisulfidivorans MP (バクテリア) 参照: UniProt: A3FJ51, methanol dehydrogenase (cytochrome c)
#3: 化合物	ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE 分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₆N₂O₈
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 977 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 10%(v/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 140904 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 24.55
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.827 / Num. unique obs: 6897 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		data processing
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1W6S

1w6s

解像度: 1.701→34.724 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1814	7071	5.02 %
R_work	0.1511	-	-
obs	0.1526	140904	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.701→34.724 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10376	0	50	977	11403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	10763
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	14579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.236	3860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1900

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7007-1.7201	0.2479	231	0.2006	4250	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7201-1.7403	0.2328	239	0.1977	4408	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7403-1.7615	0.2411	224	0.1842	4451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7615-1.7838	0.2089	223	0.1732	4462	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7838-1.8073	0.2094	235	0.1689	4410	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8073-1.8321	0.199	230	0.1672	4447	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8321-1.8582	0.2343	239	0.1675	4449	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8582-1.886	0.2222	220	0.1614	4458	X-RAY DIFFRACTION	99
1.886-1.9154	0.1863	231	0.161	4457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9154-1.9468	0.1936	247	0.1544	4437	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9468-1.9804	0.1893	234	0.1525	4468	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9804-2.0164	0.1821	234	0.1529	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0164-2.0552	0.1885	236	0.1533	4437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0552-2.0971	0.1924	231	0.1552	4477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0971-2.1427	0.192	217	0.1537	4487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1427-2.1926	0.1867	233	0.152	4483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1926-2.2474	0.1868	234	0.1477	4440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2474-2.3081	0.1935	267	0.1493	4465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3081-2.376	0.1813	235	0.1554	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.376-2.4527	0.1939	217	0.1553	4479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4527-2.5404	0.1935	251	0.1591	4476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5404-2.642	0.2033	258	0.1631	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.642-2.7622	0.198	225	0.158	4499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7622-2.9078	0.1944	200	0.1624	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9078-3.0899	0.201	218	0.17	4489	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0899-3.3283	0.1871	272	0.1586	4445	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3283-3.6629	0.1735	249	0.1474	4489	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6629-4.1921	0.1422	256	0.1308	4472	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1921-5.2786	0.1239	235	0.1125	4520	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2786-34.7315	0.1547	250	0.1318	4557	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.8433 Å / Origin y: -1.0738 Å / Origin z: 27.8722 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1116 Å²	-0.0211 Å²	-0.0163 Å²	-	0.0924 Å²	-0.009 Å²	-	-	0.1084 Å²
L	0.3224 °²	-0.1575 °²	-0.218 °²	-	0.2264 °²	0.1615 °²	-	-	0.3357 °²
S	0.0252 Å °	-0.0351 Å °	-0.0007 Å °	-0.0259 Å °	-0.0274 Å °	0.0135 Å °	-0.0115 Å °	-0.0069 Å °	0.0016 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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