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- PDB-5xlx: Crystal structure of the C-terminal domain of CheR1 containing SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xlx
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of CheR1 containing SAH
要素Chemotaxis protein methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / signaling / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamate O-methyltransferase / protein-glutamate O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
: / Chemotaxis protein methyltransferase CheR / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal domain superfamily / MCP methyltransferase, CheR-type / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal / MCP methyltransferase, CheR-type, SAM-binding domain, C-terminal / CheR methyltransferase, SAM binding domain / CheR methyltransferase, all-alpha domain / CheR-type methyltransferase domain profile. / Methyltransferase, chemotaxis proteins / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chemotaxis protein methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.969 Å
データ登録者Yuan, Z. / Zhu, Y. / Gu, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the regulation of chemotaxis by MapZ in the presence of c-di-GMP
著者: Zhu, Y. / Yuan, Z. / Gu, L.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein methyltransferase 1
B: Chemotaxis protein methyltransferase 1
C: Chemotaxis protein methyltransferase 1
D: Chemotaxis protein methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5608
ポリマ－127,0224
非ポリマー1,5384
水13,007722
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area34550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.237, 78.392, 140.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Chemotaxis protein methyltransferase 1


分子量: 31755.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: cheR1, PA3348 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O87131, protein-glutamate O-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15%(w/v)PEG10,000 100mM Sodium citrate PH5.5 2%(V/V)Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.969→50 Å / Num. obs: 52220 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 24.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2719精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.969→40.111 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 1980 3.79 %
Rwork0.1909 --
obs0.1923 52219 93.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.969→40.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6328 0 104 722 7154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6528881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.5843951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9686-2.01780.31591060.22862720X-RAY DIFFRACTION71
2.0178-2.07240.29871240.22222991X-RAY DIFFRACTION80
2.0724-2.13340.25711220.21163384X-RAY DIFFRACTION87
2.1334-2.20220.30191480.20413483X-RAY DIFFRACTION93
2.2022-2.28090.26911450.21233621X-RAY DIFFRACTION95
2.2809-2.37220.23631450.19923674X-RAY DIFFRACTION97
2.3722-2.48020.25691500.19933715X-RAY DIFFRACTION98
2.4802-2.61090.24851500.19733769X-RAY DIFFRACTION98
2.6109-2.77450.23661400.19943755X-RAY DIFFRACTION98
2.7745-2.98860.2311500.19853774X-RAY DIFFRACTION99
2.9886-3.28930.22081500.19873833X-RAY DIFFRACTION100
3.2893-3.76490.19931500.17813789X-RAY DIFFRACTION100
3.7649-4.74220.18251500.16033844X-RAY DIFFRACTION100
4.7422-40.11930.22641500.18563887X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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