PDB-5xll: Dimer form of M. tuberculosis PknI sensor domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xll

タイトル

Dimer form of M. tuberculosis PknI sensor domain

要素

Serine/threonine-protein kinase PknI

キーワード

TRANSFERASE / dimer / sensor domain / PknI / M. tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of growth rate / peptidyl-threonine phosphorylation / manganese ion binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Rao, Z. / Yan, Q.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology	2014CB542800	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81330036	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81520108019	中国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into the Activation of PknI Kinase from M. tuberculosis via Dimerization of the Extracellular Sensor Domain.
著者: Yan, Q. / Jiang, D. / Qian, L. / Zhang, Q. / Zhang, W. / Zhou, W. / Mi, K. / Guddat, L. / Yang, H. / Rao, Z.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xll.cif.gz	137.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xll.ent.gz	109.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xll_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xll_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	5xll_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	5xll_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xkaC 5xlmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6w7d-d 6cq6-d 6w7c-d 5eqj-d 6w83-d 6v36-d 6w88-d 6w84-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PknI

B: Serine/threonine-protein kinase PknI

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.014, 136.014, 136.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PknI 分子量: 19816.605 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 402-585 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: selenomethionine substituted protein 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknI, Rv2914c, MTCY338.02c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WI69, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.83 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1M HEPES, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21387 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_rim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 55.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 1450 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.258 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.201→48.088 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.01
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	1047	9.36 %
R_work	0.2235	-	-
obs	0.2269	21387	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / B_sol: 40.254 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→48.088 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2408	0	0	59	2467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2481
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.253	3410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.651	920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2007-2.2275	0.3124	140	0.301	1374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2275-2.2557	0.2905	148	0.2752	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2557-2.2854	0.3707	126	0.3131	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2854-2.3167	0.3502	140	0.2872	1353	X-RAY DIFFRACTION	1.01
2.3167-2.3498	0.3753	136	0.2684	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3498-2.3848	0.2901	140	0.2914	1364	X-RAY DIFFRACTION	1.01
2.3848-2.4221	0.3287	146	0.2658	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4221-2.4618	0.4425	136	0.2918	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4618-2.5043	0.2815	144	0.3098	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5043-2.5498	0.3815	136	0.3033	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5498-2.5988	0.3186	130	0.2865	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5988-2.6519	0.2536	132	0.2636	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6519-2.7095	0.3544	146	0.2621	1351	X-RAY DIFFRACTION	1.01
2.7095-2.7726	0.3795	142	0.2877	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7726-2.8419	0.3936	134	0.2692	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8419-2.9187	0.3129	130	0.2413	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9187-3.0046	0.2267	138	0.2514	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0046-3.1016	0.3432	128	0.2235	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1016-3.2124	0.2819	135	0.2472	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2124-3.341	0.3016	140	0.2584	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.341-3.493	0.3056	130	0.2175	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.493-3.6771	0.2604	140	0.2281	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6771-3.9074	0.2357	142	0.2064	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9074-4.2089	0.1693	139	0.1792	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2089-4.6321	0.1653	144	0.1652	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6321-5.3017	0.2373	130	0.1643	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3017-6.6767	0.2117	149	0.2258	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6767-48.0997	0.2293	142	0.21	1340	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6407	-0.2895	0.4696	0.6608	0.5087	0.8737	0.1901	-0.1207	-0.0251	0.2832	0.0981	-0.233	0.1408	0.0717	0	0.3481	-0.0334	-0.0556	0.314	-0.0307	0.4462	91.7312	30.0536	3.0108
2	1.5673	-0.6356	1.3595	1.0505	-0.1366	1.3377	-0.1404	0.1548	0.1762	0.0317	0.3229	-0.0565	-0.2737	-0.4073	0.0204	0.4321	0.0774	-0.1016	0.2998	0.0538	0.3667	62.6118	43.9608	23.5022
3	1.9385	-0.8633	0.2944	2.0065	1.2233	1.1697	-0.074	0.2708	0.0626	-0.5605	-0.2803	-0.4361	-0.1176	0.0171	-0	0.3893	0.1505	-0.0313	0.3937	0.0402	0.3515	57.4528	48.3922	18.0296
4	1.096	-1.0817	-0.4917	0.8358	0.3475	0.664	0.1097	-0.1265	-0.5995	0.1932	-0.0464	0.5	-0.3592	-0.415	0.0123	0.3569	0.0128	-0.1048	0.4517	0.061	0.5937	59.325	34.6527	22.4095
5	0.3619	0.3436	-0.2452	0.5496	0.0294	0.2434	-0.1456	0.8624	-0.2863	-0.0975	-0.4214	0.1259	-0.3134	-0.4141	-0.0162	0.3458	0.0684	-0.1185	0.6835	-0.0247	0.688	70.8553	26.8603	7.9407
6	1.5089	-0.187	-0.1093	0.3336	-0.0684	0.0423	-0.0047	-1.0428	-0.4621	0.2561	-0.2466	-0.1001	-0.8361	0.4567	-0.0227	0.5148	-0.0453	-0.1117	0.4806	0.0337	0.3861	68.4502	40.8699	30.8792
7	1.6859	-0.6104	1.1103	0.471	-0.0881	2.5684	-0.2587	-0.1296	-0.4308	0.187	0.2714	0.0679	-0.0001	-0.0462	-0.0162	0.2593	-0.0353	-0.0136	0.2606	0.04	0.459	63.8019	36.7347	20.0149
8	0.3678	-0.3089	0.0314	0.9063	0.4983	0.3326	0.0878	-0.0036	0.203	-0.1242	-0.2663	0.135	-0.3284	-0.2397	-0.0303	0.3494	0.0832	0.0297	0.4207	-0.0438	0.3405	43.9739	3.0138	30.5511
9	4.4422	0.0897	1.585	1.5038	0.8717	0.9837	-0.1289	0.271	-0.0314	0.0873	0.1032	-0.3029	0.0819	-0.072	0	0.3644	0.0717	-0.0572	0.3742	0.0375	0.3457	76.915	22.482	42.9562
10	3.8677	1.6239	0.7372	1.0265	0.6807	1.239	-0.0165	-0.5929	-1.9414	-0.0491	0.4331	-0.6297	0.3221	0.062	0.0292	0.3496	0.1548	-0.0191	0.7365	-0.0174	0.6875	66.7956	7.3936	26.7046
11	1.452	0.5226	0.1993	0.5232	-0.2808	0.4378	0.0849	0.6796	0.5795	0.4414	-0.0207	0.0951	-0.1141	0.1585	0.0001	0.4043	0.0837	0.0096	0.408	0.0494	0.3877	68.3163	28.3535	38.6347
12	1.1379	-0.4297	0.0462	2.2252	0.3661	0.075	-0.1548	0.3535	0.098	0.1088	0.0248	-0.0602	0.0281	-0.0389	-0.0014	0.3241	0.0382	-0.0008	0.4689	0.0195	0.3014	72.6718	20.0257	36.6954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 403:427)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 428:446)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 447:466)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 467:489)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 490:507)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 508:521)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 522:560)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 402:428)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 429:483)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 484:504)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 505:521)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 522:561)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)