PDB-5xka: Crystal structure of M.tuberculosis PknI kinase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xka

タイトル

Crystal structure of M.tuberculosis PknI kinase domain

要素

Serine/threonine-protein kinase PknI

キーワード

TRANSFERASE / kinase domain / PknI / M.tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of growth rate / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Yan, Q. / Jiang, D. / Qian, L. / Zhang, Q. / Zhang, W. / Zhou, W. / Mi, K. / Guddat, L. / Yang, H. / Rao, Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into the Activation of PknI Kinase from M. tuberculosis via Dimerization of the Extracellular Sensor Domain.
著者: Yan, Q. / Jiang, D. / Qian, L. / Zhang, Q. / Zhang, W. / Zhou, W. / Mi, K. / Guddat, L. / Yang, H. / Rao, Z.

履歴

登録	2017年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xka.cif.gz	220.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xka.ent.gz	176.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xka_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xka_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	5xka_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	5xka_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/5xka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/5xka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xllC 5xlmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k2l-d 1xzx-2 3tf0-d 4f4a-d 5zb3-d 4rvt-d 6vsw-d 1nq1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PknI

B: Serine/threonine-protein kinase PknI

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.823, 113.533, 118.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PknI 分子量: 30799.467 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-280 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknI, Rv2914c, MTCY338.02c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WI69, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.06 % 解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 3 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97854 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97854 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→60 Å / Num. obs: 157567 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8158 / CC_1/2: 0.836 / R_pim(I) all: 0.255 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.599→37.294 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.44 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	3836	2.43 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.1662	157567	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.599→37.294 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3810	0	0	616	4426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.119	5454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.941	1439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.37	606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	735

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5986-1.6189	0.3337	138	0.2515	5608	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6189-1.6402	0.2651	153	0.2274	5730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6402-1.6626	0.2594	115	0.2115	5666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6626-1.6864	0.2361	157	0.2009	5720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6864-1.7116	0.2296	149	0.1925	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7116-1.7383	0.2233	149	0.1819	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7383-1.7668	0.1995	123	0.1688	5723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7668-1.7973	0.219	140	0.1672	5674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7973-1.83	0.1842	143	0.1638	5729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.8652	0.2079	134	0.1707	5623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8652-1.9032	0.2249	155	0.1716	5716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9032-1.9446	0.215	136	0.1893	5679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9446-1.9898	0.206	159	0.1627	5724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9898-2.0396	0.1932	127	0.1585	5658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0396-2.0947	0.21	138	0.1547	5719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0947-2.1564	0.2238	158	0.1475	5698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1564-2.226	0.1948	137	0.1516	5720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.226-2.3055	0.1913	139	0.1577	5718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3055-2.3978	0.1523	138	0.149	5662	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3978-2.5069	0.1835	145	0.1591	5693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5069-2.6391	0.203	144	0.1669	5700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6391-2.8044	0.2131	145	0.1817	5682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8044-3.0208	0.1807	158	0.1792	5724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0208-3.3246	0.2094	138	0.1713	5678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3246-3.8053	0.1836	139	0.1474	5719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8053-4.7927	0.1768	146	0.1398	5668	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7927-37.3044	0.2116	133	0.1815	5720	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)