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- PDB-5xlf: Crystal structure of aerobically purified and aerobically crystal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xlf
タイトルCrystal structure of aerobically purified and aerobically crystallized D. vulgaris Miyazaki F [NiFe]-hydrogenase
要素(Periplasmic [NiFe] hydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / [NiFe]-hydrogenase D. vulgaris
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Nishikawa, K. / Mochida, S. / Hiromoto, T. / Shibata, N. / Higuchi, Y.
引用ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2017
タイトル: Ni-elimination from the active site of the standard [NiFe]‐hydrogenase upon oxidation by O2.
著者: Nishikawa, K. / Mochida, S. / Hiromoto, T. / Shibata, N. / Higuchi, Y.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
L: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2399
ポリマ－89,7682
非ポリマー1,4707
水14,268792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.570, 98.970, 127.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Periplasmic [NiFe] hydrogenase ... , 2種, 2分子 SL

#1: タンパク質 Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / NiFe hydrogenlyase small chain


分子量: 28789.746 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-317 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris (strain Miyazaki F / DSM 19637) (バクテリア)
株: Miyazaki F / DSM 19637 / 参照: UniProt: P21853, cytochrome-c3 hydrogenase
#2: タンパク質 Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / NiFe hydrogenlyase large chain


分子量: 60978.453 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-552 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris (strain Miyazaki F / DSM 19637) (バクテリア)
株: Miyazaki F / DSM 19637 / 参照: UniProt: P21852, cytochrome-c3 hydrogenase

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非ポリマー , 6種, 799分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe3S4
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NFV / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER


分子量: 210.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2NiO2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 173749 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 12.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→39.046 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1754 4531 5 %
Rwork0.1416 --
obs0.1433 90648 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→39.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6170 0 49 792 7011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6038822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0372330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061147
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.72940.29021460.24252786X-RAY DIFFRACTION98
1.7294-1.74970.23361460.22142763X-RAY DIFFRACTION97
1.7497-1.77110.20261490.19772842X-RAY DIFFRACTION99
1.7711-1.79350.22671460.19662770X-RAY DIFFRACTION97
1.7935-1.81710.25091490.18572838X-RAY DIFFRACTION99
1.8171-1.8420.20521480.18962797X-RAY DIFFRACTION98
1.842-1.86830.21731500.17612854X-RAY DIFFRACTION99
1.8683-1.89620.21141480.17362817X-RAY DIFFRACTION98
1.8962-1.92580.21311480.16092806X-RAY DIFFRACTION99
1.9258-1.95740.21861500.15632857X-RAY DIFFRACTION98
1.9574-1.99110.20991500.14692844X-RAY DIFFRACTION100
1.9911-2.02730.16881480.14292815X-RAY DIFFRACTION99
2.0273-2.06630.1691510.13482865X-RAY DIFFRACTION100
2.0663-2.10850.16341480.13622822X-RAY DIFFRACTION99
2.1085-2.15430.17481520.13692890X-RAY DIFFRACTION99
2.1543-2.20450.18191510.13812860X-RAY DIFFRACTION100
2.2045-2.25960.17511490.13212834X-RAY DIFFRACTION99
2.2596-2.32070.16221520.1312887X-RAY DIFFRACTION100
2.3207-2.38890.1491520.12892890X-RAY DIFFRACTION100
2.3889-2.4660.17171520.12712886X-RAY DIFFRACTION100
2.466-2.55420.14251520.13172891X-RAY DIFFRACTION100
2.5542-2.65640.18441520.13322888X-RAY DIFFRACTION100
2.6564-2.77730.20461530.1352906X-RAY DIFFRACTION100
2.7773-2.92360.18381520.13832892X-RAY DIFFRACTION100
2.9236-3.10680.16131540.13122914X-RAY DIFFRACTION100
3.1068-3.34650.16571540.12582929X-RAY DIFFRACTION100
3.3465-3.68310.15511540.12432931X-RAY DIFFRACTION100
3.6831-4.21550.14271560.11712953X-RAY DIFFRACTION100
4.2155-5.30890.14491570.12192984X-RAY DIFFRACTION100
5.3089-39.05650.17281620.16333106X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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