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- PDB-5xk9: Crystal structure of Isosesquilavandulyl Diphosphate Synthase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xk9
タイトルCrystal structure of Isosesquilavandulyl Diphosphate Synthase from Streptomyces sp. strain CNH-189 in complex with GSPP and DMAPP
要素Undecaprenyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase / antibiotic biosynthesis
機能・相同性polyprenyltransferase activity / polyprenol biosynthetic process / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / metal ion binding / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / Undecaprenyl diphosphate synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. CNH189 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.137 Å
データ登録者Ko, T.P. / Guo, R.T. / Liu, W. / Chen, C.C. / Gao, J.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: "Head-to-Middle" and "Head-to-Tail" cis-Prenyl Transferases: Structure of Isosesquilavandulyl Diphosphate Synthase.
著者: Gao, J. / Ko, T.P. / Chen, L. / Malwal, S.R. / Zhang, J. / Hu, X. / Qu, F. / Liu, W. / Huang, J.W. / Cheng, Y.S. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Zhang, Y. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Undecaprenyl diphosphate synthase
B: Undecaprenyl diphosphate synthase
C: Undecaprenyl diphosphate synthase
D: Undecaprenyl diphosphate synthase
E: Undecaprenyl diphosphate synthase
F: Undecaprenyl diphosphate synthase
G: Undecaprenyl diphosphate synthase
H: Undecaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,47132
ポリマ－213,6668
非ポリマー4,80524
水21,6721203
1
A: Undecaprenyl diphosphate synthase
B: Undecaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6188
ポリマ－53,4162
非ポリマー1,2016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
2
C: Undecaprenyl diphosphate synthase
D: Undecaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6188
ポリマ－53,4162
非ポリマー1,2016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
3
E: Undecaprenyl diphosphate synthase
F: Undecaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6188
ポリマ－53,4162
非ポリマー1,2016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
4
G: Undecaprenyl diphosphate synthase
H: Undecaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6188
ポリマ－53,4162
非ポリマー1,2016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.955, 68.774, 129.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Undecaprenyl diphosphate synthase


分子量: 26708.215 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. CNH189 (バクテリア)
遺伝子: mcl22 / プラスミド: pET46Ek/LIC
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: M4T4U9
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸


分子量: 330.275 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O6P2S
#4: 化合物
ChemComp-DMA / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / ジメチルアリル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PROTEIN: 10 mg/mL in a buffer containing 25 mM Tris-Cl (pH 7.5), 150 mM NaCl RESERVOIR: 0.2 M Na citrate, 20% v/v polyethylene glycol (PEG) 3350 SOAKING: 5 mM MgCl2, 50 mM Na citrate, 24% v/v ...詳細: PROTEIN: 10 mg/mL in a buffer containing 25 mM Tris-Cl (pH 7.5), 150 mM NaCl RESERVOIR: 0.2 M Na citrate, 20% v/v polyethylene glycol (PEG) 3350 SOAKING: 5 mM MgCl2, 50 mM Na citrate, 24% v/v PEG 3350, 10% v/v glycerol, 10 mM GSPP, 10 mM DMAPP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月28日
放射モノクロメーター: LN2 cooled Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.137→25 Å / Num. obs: 115165 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.14→2.21 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 11565 / CC1/2: 0.929 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XK3

5xk3


解像度: 2.137→24.78 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 2002 1.74 %RANDOM
Rwork0.2325 ---
obs0.2329 115108 97.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.137→24.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13614 0 272 1203 15089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63319295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9058406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1367-2.19010.311380.26897239X-RAY DIFFRACTION88
2.1901-2.24920.30971500.26528209X-RAY DIFFRACTION100
2.2492-2.31540.32321210.26188287X-RAY DIFFRACTION100
2.3154-2.390.30631720.26048212X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.47540.26291340.26028229X-RAY DIFFRACTION100
2.4754-2.57440.30411520.25468246X-RAY DIFFRACTION99
2.5744-2.69140.27211270.26058182X-RAY DIFFRACTION99
2.6914-2.83310.28631470.25748168X-RAY DIFFRACTION99
2.8331-3.01040.25531480.25778199X-RAY DIFFRACTION98
3.0104-3.24230.24831360.25138044X-RAY DIFFRACTION97
3.2423-3.56780.25121470.22397964X-RAY DIFFRACTION96
3.5678-4.0820.27041360.21217930X-RAY DIFFRACTION95
4.082-5.13540.16751390.19667866X-RAY DIFFRACTION94
5.1354-24.78150.23751550.20958331X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.2117 Å / Origin y: 9.1126 Å / Origin z: 12.5328 Å
111213212223313233
T0.1436 Å20.0039 Å2-0.0027 Å2-0.1247 Å2-0.007 Å2--0.1531 Å2
L0.0428 °20.0226 °2-0.0611 °2-0.0287 °2-0.0898 °2--0.2254 °2
S-0.0008 Å °0.0152 Å °-0.0226 Å °0.0006 Å °0.0043 Å °-0.0285 Å °-0.0056 Å °-0.0054 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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