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- PDB-5xk3: Crystal structure of apo form Isosesquilavandulyl Diphosphate Syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xk3
タイトルCrystal structure of apo form Isosesquilavandulyl Diphosphate Synthase from Streptomyces sp. strain CNH-189
要素Undecaprenyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase / antibiotic biosynthesis
機能・相同性polyprenyltransferase activity / polyprenol biosynthetic process / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / metal ion binding / Undecaprenyl diphosphate synthase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. CNH189 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.996 Å
データ登録者Ko, T.P. / Guo, R.T. / Liu, W. / Chen, C.C. / Gao, J.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: "Head-to-Middle" and "Head-to-Tail" cis-Prenyl Transferases: Structure of Isosesquilavandulyl Diphosphate Synthase.
著者: Gao, J. / Ko, T.P. / Chen, L. / Malwal, S.R. / Zhang, J. / Hu, X. / Qu, F. / Liu, W. / Huang, J.W. / Cheng, Y.S. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Zhang, Y. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Undecaprenyl diphosphate synthase
B: Undecaprenyl diphosphate synthase
C: Undecaprenyl diphosphate synthase
D: Undecaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,40910
ポリマ－106,8334
非ポリマー5766
水16,592921
1
A: Undecaprenyl diphosphate synthase
B: Undecaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7055
ポリマ－53,4162
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
2
C: Undecaprenyl diphosphate synthase
D: Undecaprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7055
ポリマ－53,4162
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.115, 121.198, 126.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Undecaprenyl diphosphate synthase


分子量: 26708.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. CNH189 (バクテリア)
遺伝子: mcl22 / プラスミド: pET46Ek/LIC
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: M4T4U9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PROTEIN: 10 mg/mL in 25 mM Tris-Cl (pH 7.5), 150 mM NaCl RESERVOIR: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.996→25 Å / Num. obs: 71134 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.996→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6984 / CC1/2: 0.947 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VFW

2vfw


解像度: 1.996→24.278 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.89
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 2001 2.82 %random
Rwork0.1688 ---
obs0.1697 71081 98.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.996→24.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6842 0 30 921 7793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8259530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1734186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9959-2.04580.28041280.23794628X-RAY DIFFRACTION94
2.0458-2.10110.26551370.22414865X-RAY DIFFRACTION99
2.1011-2.16290.23511500.20194894X-RAY DIFFRACTION99
2.1629-2.23270.26011320.1884908X-RAY DIFFRACTION100
2.2327-2.31240.20441560.18284926X-RAY DIFFRACTION99
2.3124-2.40490.21171370.17374921X-RAY DIFFRACTION100
2.4049-2.51430.20831450.1744938X-RAY DIFFRACTION100
2.5143-2.64670.2121440.17834960X-RAY DIFFRACTION100
2.6467-2.81230.23871440.18074963X-RAY DIFFRACTION100
2.8123-3.0290.19111440.18234983X-RAY DIFFRACTION100
3.029-3.33320.21541470.17684985X-RAY DIFFRACTION100
3.3332-3.81390.19371450.15865029X-RAY DIFFRACTION100
3.8139-4.7990.16791450.14075018X-RAY DIFFRACTION99
4.799-24.27940.1751470.15825062X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.9629 Å / Origin y: 74.0296 Å / Origin z: 44.2587 Å
111213212223313233
T0.2399 Å2-0.0205 Å20.0344 Å2-0.2531 Å2-0.021 Å2--0.2526 Å2
L0.2108 °2-0.1343 °20.1097 °2-0.5404 °2-0.2411 °2--0.6449 °2
S0.0312 Å °-0.0572 Å °0.0189 Å °-0.04 Å °-0.0236 Å °0.0356 Å °0.0656 Å °0.0575 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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