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万見
- PDB-5xif: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase (PRS) from Toxoplasma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xif
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase (PRS) from Toxoplasma gondii
要素Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
キーワードLIGASE / Protein Translation / PRS / Synthetase / Inhibitor / Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type ...C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Jain, V. / Manickam, Y. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Targeting Prolyl-tRNA Synthetase to Accelerate Drug Discovery against Malaria, Leishmaniasis, Toxoplasmosis, Cryptosporidiosis, and Coccidiosis
著者: Jain, V. / Yogavel, M. / Kikuchi, H. / Oshima, Y. / Hariguchi, N. / Matsumoto, M. / Goel, P. / Touquet, B. / Jumani, R.S. / Tacchini-Cottier, F. / Harlos, K. / Huston, C.D. / Hakimi, M.A. / Sharma, A.
履歴
登録2017年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
B: Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1239
ポリマ－115,8752
非ポリマー2487
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area39630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.680, 86.430, 97.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Prolyl-tRNA synthetase (ProRS)


分子量: 57937.258 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 334-830 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: TGME49_219850 / プラスミド: PETM41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: S8G8I1, proline-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10%(w/v) PEG 8K, 20%(v/v) ethylene glycol, 0.03M of each ethylene glycol and 0.1M bicine/Trizma base

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→53.41 Å / Num. obs: 42796 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.48→2.57 Å / 冗長度: 8.2 % / Num. unique obs: 4075 / CC1/2: 0.575 / Rpim(I) all: 0.517 / Rrim(I) all: 1.495 / % possible all: 95.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.2データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
SCALAデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TWA

4twa


解像度: 2.48→53.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.608 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.278 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2495 2153 5 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1962 40574 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.84 Å2 / Biso mean: 44.632 Å2 / Biso min: 10.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å2-0 Å20.87 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→53.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7631 0 7 201 7839
Biso mean--62.52 39.85 -
残基数----941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.94910631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6115935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29923.435361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.664151394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0461556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215922
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.545 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 158 -
Rwork0.367 2822 -
all-2980 -
obs--94.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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