PDB-5xi1: Structural Insight of Flavonoids binding to CAG repeat RNA that c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xi1

タイトル

Structural Insight of Flavonoids binding to CAG repeat RNA that causes Huntington's Disease (HD) and Spinocerebellar Ataxia (SCAs)

要素

RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*G)-3')

キーワード

RNA / Myricetin / Flavonoids / CAG RNA / HD / Huntington's Disease / Trinucleotide repeats

機能・相同性

Chem-MYC / RNA

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Tawani, A. / Mishra, S.K. / Khan, E. / Kumar, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Myricetin Reduces Toxic Level of CAG Repeats RNA in Huntington's Disease (HD) and Spino Cerebellar Ataxia (SCAs).
著者: Khan, E. / Tawani, A. / Mishra, S.K. / Verma, A.K. / Upadhyay, A. / Kumar, M. / Sandhir, R. / Mishra, A. / Kumar, A.

履歴

登録	2017年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xi1.cif.gz	141.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xi1.ent.gz	109.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/5xi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rhd-1 4rhd-2 1wv5-d 2ncr-d 2b1b-d 1fix-d 1i0o-d 5lqt-d 4rhd-4 1d96-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36076Structural Insight of Flavonoids binding to CAG repeat RNA that causes Huntington's Disease (HD) and Spinocerebellar Ataxia (SCAs)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

S: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*G)-3')

A: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

6.41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(PCPCPGPCPAPGPCPGPG)-3') 分子量: 2885.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-MYC / 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / 2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 3,3',4',5,5',7-HEXAHYDROXYFLAVONE / MYRICETIN / CANNABISCETIN / ミリセチン分子量: 318.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₈

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
2	1	1	anisotropic	1	2D NOESY
2	2	1	anisotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1.54 mM RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*G)-3'), 3.08 mM MYC, 90% H2O/10% D2O
Label: na / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1.54 mM	RNA (5'-R(PCPCPGPCPAPGPCPGP*G)-3')	1
3.08 mM	MYC	1

試料状態

詳細: with 50 mM NaCl / イオン強度: 10 mM / Label: Sodium phosphate Buffer / pH: 7.2 / 圧: 760 mmHg / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.1	Bruker Biospin	chemical shift assignment
Discover		Accelrys Software Inc.	精密化
TopSpin		Bruker Biospin	解析
Sparky		Goddard	解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 / 詳細: 9 intermolecular restrainst

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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