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- PDB-5xi0: Crystal structure of FabV, a new class of enyl-acyl carrier prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xi0
タイトルCrystal structure of FabV, a new class of enyl-acyl carrier protein reductase from Vibrio fischeri
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / enoyl-acyl carrier protein reductase / FabV
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Trans-2-enoyl-CoA reductase / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic domain, putative / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic region / NAD(P)H binding domain of trans-2-enoyl-CoA reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.087 Å
データ登録者Park, A.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FabV, a new class of enyl-acyl carrier protein reductase from Vibrio fischeri
著者: Park, A.K.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6372
ポリマ－87,6372
非ポリマー00
水6,828379
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8181
ポリマ－43,8181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8181
ポリマ－43,8181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.998, 109.175, 119.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-657-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / ENR


分子量: 43818.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (バクテリア)
株: ATCC 700601 / ES114 / 遺伝子: fabV, VF_0888 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5E6G3, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-tris Propane pH 5.5, 0.1M Sodium Fluoride, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.23986 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 49667 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 26.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.516 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 443849
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.09-2.135.40.36720090.755181.2
2.13-2.1660.34824440.796199.4
2.16-2.216.20.34224650.832199
2.21-2.256.50.31324550.867199.1
2.25-2.36.60.30124880.903199.3
2.3-2.356.90.27724650.925199.3
2.35-2.417.10.27624600.93199.4
2.41-2.487.30.25724580.989199.5
2.48-2.557.60.22925131.042199.5
2.55-2.638.20.20824941.109199.5
2.63-2.738.60.18124581.18199.4
2.73-2.8490.16724951.261199.7
2.84-2.979.50.14325111.391199.8
2.97-3.1210.20.12125061.526199.7
3.12-3.3211.10.10225241.711199.9
3.32-3.5711.60.08825251.912199.8
3.57-3.9312.20.07725382.073199.9
3.93-4.512.40.06825582.298199.9
4.5-5.6712.50.06425852.288199.9
5.67-5012.20.05427162.14199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S8M

3s8m


解像度: 2.087→40.343 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 27.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 2423 4.89 %
Rwork0.2063 47176 -
obs0.2094 49599 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.41 Å2 / Biso mean: 29.9783 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.087→40.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6152 0 0 379 6531
Biso mean---29.7 -
残基数----800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9118486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8293764
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0869-2.12950.34471540.3222623277796
2.1295-2.17580.35391510.3022756290799
2.1758-2.22640.36911380.27662698283699
2.2264-2.28210.32411440.26462751289599
2.2821-2.34380.28311330.24932733286699
2.3438-2.41270.30961480.23762751289999
2.4127-2.49060.30231230.238627622885100
2.4906-2.57960.30151420.22482723286599
2.5796-2.68280.31371390.22752776291599
2.6828-2.80490.27071470.232227682915100
2.8049-2.95270.32241420.241427862928100
2.9527-3.13770.31681400.23627772917100
3.1377-3.37980.28981400.211227842924100
3.3798-3.71970.26271540.195428232977100
3.7197-4.25750.21781410.157528102951100
4.2575-5.3620.20031470.144828623009100
5.362-40.35010.20961400.14842993313399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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