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- PDB-5xhk: Crystal structure of the BRD2-BD2 in complex with phenanthridinone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xhk
タイトルCrystal structure of the BRD2-BD2 in complex with phenanthridinone
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / bromodomain / BET family / BRD2 / Phenanthridinone
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOXYETHANE / phenanthridin-6(5H)-one / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Mathur, S. / Tripathi, S. / Deshmukh, P.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science and Technology (DST)-SERB インド
Department of Biotechnology インド
引用
ジャーナル: J. Biomol. Struct. Dyn. / 年: 2018
タイトル: Insights into the crystal structure of BRD2-BD2 - phenanthridinone complex and theoretical studies on phenanthridinone analogs.
著者: Mathur, S. / Deshmukh, P. / Tripathi, S. / Marimuthu, P. / Padmanabhan, B.
#1: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: A Novel Phenanthridionone Based Scaffold As a Potential Inhibitor of the BRD2 Bromodomain: Crystal Structure of the Complex.
著者: Tripathi, S. / Mathur, S. / Deshmukh, P. / Manjula, R. / Padmanabhan, B.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8465
ポリマ－13,4061
非ポリマー4404
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)32.040, 52.510, 71.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-725-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13406.319 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 348-455 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-2ME / METHOXYETHANE / メチルエチルエ-テル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#4: 化合物 ChemComp-LDR / phenanthridin-6(5H)-one / フェナントリジン-6(5H)-オン


分子量: 195.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 % / 解説: Thick plates.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG MME 2000, 10% Glycerol, Tris-Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月15日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→42.296 Å / Num. obs: 25998 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 9.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/av σ(I): 8.1 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.28→1.35 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.192 / Rrim(I) all: 0.351 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IG6

5ig6


解像度: 1.28→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.478 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.06
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1919 1280 4.9 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.1587 24672 82.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 44.45 Å2 / Biso mean: 13.542 Å2 / Biso min: 4.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.38 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.28→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数941 0 46 211 1198
Biso mean--17.66 24.98 -
残基数----115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.9881479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4995134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63223.51954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27115191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.602157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021854
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.20731090
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.41567
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.74851195
LS精密化 シェル解像度: 1.284→1.317 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 91 -
Rwork0.212 1882 -
all-1973 -
obs--87.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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