PDB-5xgv: The structure of Diels-Alderase PyrE3 in the biosynthetic pathway...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xgv

タイトル

The structure of Diels-Alderase PyrE3 in the biosynthetic pathway of pyrroindomycins

要素

PyrE3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Diels-Alderase / pyrroindomycins

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / antibiotic biosynthetic process / FAD binding / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces rugosporus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Pan, L. / Gong, Y. / Guo, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (General Program)	21672253	中国
the Foundation for Innovative Research Groups of the National Natural Science Foundation of China	21621002	中国
the Foundation for key projects of basic research of Shanghai Committee of Science and Technology, China	15JC1400400	中国

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into a Flavin-Dependent [4 + 2] Cyclase that Catalyzes trans-Decalin Formation in Pyrroindomycin Biosynthesis.
著者: Zheng, Q. / Gong, Y. / Guo, Y. / Zhao, Z. / Wu, Z. / Zhou, Z. / Chen, D. / Pan, L. / Liu, W.

履歴

登録	2017年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xgv.cif.gz	371.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xgv.ent.gz	300.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xgv_validation.pdf.gz	958 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xgv_full_validation.pdf.gz	967.5 KB	表示
XML形式データ	5xgv_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	5xgv_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/5xgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/5xgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ighS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6j0z-1 4icy-1 5c5h-d 3fmw-2 6fp0-d 6xso-d 2e4z-1 2r4e-d 2r45-d 2r46-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PyrE3

B: PyrE3

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PyrE3

ヘテロ分子

B: PyrE3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.617, 58.022, 127.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 127.460, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-861- HOH
2	1	A-963- HOH
3	1	A-985- HOH

#1: タンパク質	PyrE3 分子量: 49282.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces rugosporus (バクテリア) 遺伝子: pyrE3 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: K7QRJ5
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate trihydrate, PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97845 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97845 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 61958 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.531 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 197419

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	3.1	0.315	3051	0.854	0.212	0.381	0.462	98.8
2.14-2.18	2.9	0.269	3034	0.889	0.187	0.329	0.464	98.3
2.18-2.22	3	0.232	3084	0.91	0.159	0.283	0.498	98.8
2.22-2.26	3.3	0.221	3079	0.931	0.144	0.265	0.492	99.7
2.26-2.31	3.3	0.204	3117	0.939	0.133	0.244	0.507	99.7
2.31-2.37	3.3	0.185	3063	0.95	0.12	0.221	0.511	99.4
2.37-2.42	3.3	0.167	3104	0.961	0.108	0.199	0.502	99.4
2.42-2.49	3.3	0.156	3063	0.964	0.101	0.186	0.498	99.4
2.49-2.56	3.3	0.141	3066	0.968	0.092	0.169	0.521	99.4
2.56-2.65	3.2	0.126	3126	0.973	0.082	0.151	0.51	99.2
2.65-2.74	3.1	0.111	3078	0.977	0.074	0.134	0.534	99.1
2.74-2.85	2.9	0.097	3038	0.982	0.067	0.119	0.553	98.1
2.85-2.98	3.3	0.089	3112	0.986	0.057	0.106	0.567	99.7
2.98-3.14	3.4	0.08	3104	0.987	0.051	0.096	0.591	99.7
3.14-3.33	3.3	0.069	3133	0.99	0.045	0.083	0.586	99.7
3.33-3.59	3.3	0.059	3111	0.992	0.038	0.07	0.596	99.4
3.59-3.95	3.1	0.049	3102	0.994	0.032	0.059	0.544	98.6
3.95-4.52	3	0.044	3111	0.994	0.03	0.053	0.502	98.6
4.52-5.7	3.3	0.044	3169	0.995	0.028	0.053	0.505	100
5.7-50	3.1	0.049	3213	0.994	0.033	0.059	0.656	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定
HKL		データスケーリング
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IGH

3igh

解像度: 2.099→47.042 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	3149	5.08 %
R_work	0.1651	58800	-
obs	0.167	61949	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.02 Å² / B_iso mean: 26.4834 Å² / B_iso min: 10.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.099→47.042 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6926	0	106	782	7814
B_iso mean	-	-	20.71	32.17	-
残基数	-	-	-	-	922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7196
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.163	9828
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1104
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1300
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.164	2624

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0988-2.1316	0.2377	136	0.2003	2573	2709	96
2.1316-2.1666	0.2796	131	0.1999	2637	2768	98
2.1666-2.204	0.2527	126	0.1892	2627	2753	98
2.204-2.244	0.2168	168	0.1868	2682	2850	100
2.244-2.2872	0.248	147	0.1793	2660	2807	100
2.2872-2.3339	0.2027	136	0.181	2657	2793	99
2.3339-2.3846	0.2406	131	0.1729	2675	2806	100
2.3846-2.4401	0.2158	135	0.1761	2678	2813	99
2.4401-2.5011	0.2302	149	0.1813	2664	2813	99
2.5011-2.5687	0.2054	141	0.1804	2657	2798	99
2.5687-2.6443	0.2418	140	0.1851	2714	2854	99
2.6443-2.7296	0.2129	139	0.1768	2636	2775	99
2.7296-2.8272	0.2391	143	0.1825	2627	2770	98
2.8272-2.9404	0.2336	133	0.1833	2708	2841	100
2.9404-3.0742	0.2006	155	0.183	2673	2828	100
3.0742-3.2362	0.2369	168	0.1818	2670	2838	100
3.2362-3.4389	0.1965	147	0.1649	2706	2853	100
3.4389-3.7043	0.1629	140	0.1511	2657	2797	99
3.7043-4.0769	0.1772	140	0.1361	2690	2830	98
4.0769-4.6664	0.144	143	0.1274	2695	2838	99
4.6664-5.8774	0.1703	144	0.1488	2747	2891	100
5.8774-47.0536	0.1685	157	0.1529	2767	2924	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6026	0.2252	0.4827	0.7371	0.0368	1.4662	0.0039	-0.0312	-0.1688	-0.0816	-0.0214	0.0163	0.1439	-0.2521	0.0025	0.1928	-0.0459	0.0194	0.2227	-0.012	0.1656	-29.9469	6.5485	24.5411
2	1.0918	-0.2263	-0.3033	0.2973	0.1444	0.6294	0.0176	-0.0473	-0.0466	-0.0194	-0.0238	0.0032	0.0791	-0.1166	0.0153	0.1896	-0.0343	-0.0028	0.1544	-0.0046	0.1814	-17.0718	6.8744	19.6619
3	1.1563	0.0062	0.1608	1.4003	-0.0089	1.5973	-0.0175	-0.5184	0.1157	0.2912	0.0707	-0.0232	0.0057	-0.1516	-0.0519	0.2579	-0.0066	0.018	0.4512	-0.0715	0.2197	-24.4554	18.3151	47.7296
4	1.2977	-0.3896	-0.7126	0.9762	-0.1539	1.8555	0.007	-0.0613	0.2087	0.1205	0.028	-0.0079	-0.2468	-0.4212	0.0346	0.2125	0.0557	-0.0189	0.2755	-0.0305	0.1875	-38.5279	21.0519	-16.9714
5	1.2401	-0.2034	0.1158	0.3595	0.1649	1.3569	0.0346	0.0643	0.2669	0.0522	0.0096	0.0704	-0.1933	-0.4154	0.0007	0.2315	0.0538	0.004	0.2336	-0.0285	0.2297	-35.1807	22.0434	-17.2834
6	0.781	0.3993	0.0165	0.7691	0.3374	0.3847	-0.0213	-0.0228	0.2122	-0.0856	0.0293	0.0068	-0.1425	-0.0579	0.0303	0.2716	0.0004	-0.0219	0.1776	-0.008	0.25	-17.5135	28.6683	-9.3855
7	0.347	-0.2396	0.0382	1.6652	-0.2834	1.0137	0.0054	-0.0672	0.0366	0.1456	-0.0438	0.2081	-0.1227	0.0031	0.0064	0.2683	-0.0018	-0.0169	0.1704	-0.0265	0.2589	-14.5787	32.6791	-3.0799
8	1.1933	0.124	-0.0604	0.3366	0.1276	0.6652	0.0486	0.0711	-0.0342	0.0315	-0.0439	-0.0325	0.0581	-0.1237	0.0067	0.1793	0.0059	-0.0069	0.1416	-0.0148	0.1789	-23.7403	12.3991	-20.3182
9	0.9635	0.0914	-0.0474	1.645	-0.1512	1.7389	-0.053	0.4528	-0.0509	-0.3242	0.0958	0.072	0.0221	-0.3034	-0.0528	0.2593	-0.0145	-0.0202	0.4518	-0.0558	0.2189	-38.0186	9.2663	-40.7956

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 57 )	A	2 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 381 )	A	58 - 381
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 462 )	A	382 - 463
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 57 )	B	2 - 57
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 58 through 154 )	B	58 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 155 through 208 )	B	155 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 209 through 255 )	B	209 - 255
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 256 through 381 )	B	256 - 381
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 382 through 462 )	B	382 - 463

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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