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- PDB-5xgf: The fatty acid-responsive FadR repressor of Vibrio alginolyticus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgf
タイトルThe fatty acid-responsive FadR repressor of Vibrio alginolyticus
要素Fatty acid metabolism regulator protein
キーワードTRANSCRIPTION / fatty acid-responsive FadR repressor / palmitoyl1-CoA ester binding / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Fatty acid response transcription factor FadR / FadR, C-terminal domain / FadR C-terminal domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Fatty acid metabolism regulator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio alginolyticus E0666 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lin, Y. / Li, D.F. / Feng, Y.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Snapshort of Vibrio FadR-ligand complex structure reveals a new mechanism for bacterial fatty acid sensing
著者: Feng, Y.J. / Lin, Y. / Li, D.F. / Zhang, H.M. / Gao, R.S. / Bi, L.J. / Wang, S.H.
履歴
登録2017年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年5月31日ID: 5DV1
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid metabolism regulator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4642
ポリマ－34,4051
非ポリマー591
水2,000111
1
A: Fatty acid metabolism regulator protein
ヘテロ分子

A: Fatty acid metabolism regulator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9284
ポリマ－68,8102
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.000, 76.000, 144.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid metabolism regulator protein / GntR family transscriptional regulator


分子量: 34405.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus E0666 (バクテリア)
株: E0666 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H0Y8X2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200mM Calcium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 7% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→18.474 Å / Num. obs: 18014 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E2X

1e2x


解像度: 2.35→18.474 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1800 10 %
Rwork0.2183 --
obs0.222 17995 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→18.474 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2200 0 1 111 2312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6633037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4051358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.41340.31271280.26941161X-RAY DIFFRACTION95
2.4134-2.48430.27441380.24781237X-RAY DIFFRACTION99
2.4843-2.56430.2731390.24721241X-RAY DIFFRACTION100
2.5643-2.65570.31171370.24451241X-RAY DIFFRACTION100
2.6557-2.76170.24631380.23841240X-RAY DIFFRACTION100
2.7617-2.88690.23451380.23161245X-RAY DIFFRACTION100
2.8869-3.03850.2731400.23221260X-RAY DIFFRACTION100
3.0385-3.22790.28581380.2251241X-RAY DIFFRACTION100
3.2279-3.47560.22741400.22231256X-RAY DIFFRACTION99
3.4756-3.82260.2761370.20081242X-RAY DIFFRACTION98
3.8226-4.36930.21441420.19881268X-RAY DIFFRACTION99
4.3693-5.48090.241350.19891225X-RAY DIFFRACTION94
5.4809-18.47450.26861500.21521338X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1207-0.2520.57750.7769-1.49783.0798-0.84980.49151.91110.2447-0.1376-0.6404-2.05281.68980.90312.3039-0.7648-0.65261.21530.18991.89480.264715.76826.4559
24.2044-1.65821.23475.4938-2.36841.1501-0.7381-0.58631.6460.85530.0443-0.1689-1.90440.27990.12920.8677-0.158-0.21170.454-0.03120.982-7.79946.8524.7404
33.68-1.00050.43412.5658-1.34854.9337-0.0652-0.4150.0650.22460.119-0.2440.07040.7097-0.07570.19270.0516-0.05540.4214-0.0150.2401-2.9021-19.64412.6713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 93 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 278 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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