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- PDB-5xfy: Crystal structure of a novel PET hydrolase S131A mutant from Ideo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xfy
タイトルCrystal structure of a novel PET hydrolase S131A mutant from Ideonella sakaiensis 201-F6
要素Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
キーワードHYDROLASE / metal-binding / substrate binding / acidocalcisomal pyrophosphatase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(ethylene terephthalate) hydrolase / acetylesterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / : / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Ideonella sakaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Han, X. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural insight into catalytic mechanism of PET hydrolase
著者: Han, X. / Liu, W. / Huang, J.W. / Ma, J. / Zheng, Y. / Ko, T.P. / Xu, L. / Cheng, Y.S. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7165
ポリマ－27,3351
非ポリマー3804
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.185, 50.331, 40.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PETase


分子量: 27335.348 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-290 / 変異: S131A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (strain 201-F6) (バクテリア)
株: 201-F6 / 遺伝子: ISF6_4831 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 % / Mosaicity: 0.733 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium Sulfate, NaCl, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→25 Å / Num. obs: 45597 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 1.808 / Net I/σ(I): 24.9 / Num. measured all: 261939
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.455.80.20745620.9770.0940.2281.392100
1.45-1.515.80.15545700.9870.070.171.439100
1.51-1.585.80.11945470.9920.0540.1311.508100
1.58-1.665.80.09545290.9950.0430.1051.597100
1.66-1.765.70.07845470.9960.0350.0861.873100
1.76-1.95.70.0645550.9970.0270.0662.04100
1.9-2.095.80.04245930.9990.0190.0461.907100
2.09-2.395.60.03845540.9990.0170.0422.278100
2.39-3.015.90.03345900.9990.0150.0372.219100
3.013-255.60.02745500.9990.0130.031.84297.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WFI

4wfi


解像度: 1.4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.716 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.05
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1589 2306 5.1 %RANDOM
Rwork0.1344 ---
obs0.1355 43291 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.7 Å2 / Biso mean: 16.788 Å2 / Biso min: 8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å2-0.32 Å2
2--0.68 Å2-0 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1918 0 21 190 2129
Biso mean--37.26 30.07 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.9452732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77834080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5465268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03323.50677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.52515289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1521513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02410
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.177 162 -
Rwork0.156 3192 -
all-3354 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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