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- PDB-5xfs: Crystal structure of PE8-PPE15 in complex with EspG5 from M. tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xfs
タイトルCrystal structure of PE8-PPE15 in complex with EspG5 from M. tuberculosis
要素
  • ESX-5 secretion-associated protein EspG5
  • PE family protein PE8
  • PPE family protein PPE15
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Tuberculosis / Bacterial pathogenesis / Protein secretion / Protein complex / Protein structure
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPE family, C-terminal / PPE-SVP subfamily C-terminal region / PPE family / PPE family / PE-PGRS family, N-terminal / PE family / EspG family / EspG family / PPE superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PE family protein PE8 / ESX-5 secretion-associated protein EspG5 / PPE family protein PPE15
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, X. / Au, S.W.N.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
Health and Medical Research Fund12110602 香港
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of the PE-PPE protein interaction in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Chen, X. / Cheng, H.F. / Zhou, J. / Chan, C.Y. / Lau, K.F. / Tsui, S.K. / Au, S.W.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PE family protein PE8
B: PPE family protein PPE15
C: ESX-5 secretion-associated protein EspG5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1143
ポリマ－64,1143
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.740, 69.960, 203.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PE family protein PE8


分子量: 10271.424 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-99 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: PE8, Rv1040c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7N667
#2: タンパク質 PPE family protein PPE15 / Mycobacterial perilipin-1 / MPER1


分子量: 20312.930 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: PPE15, mper1, Rv1039c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WI31
#3: タンパク質 ESX-5 secretion-associated protein EspG5


分子量: 33529.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: espG5, Rv1794, LH57_09810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53943
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM Sodium Chloride, 100 mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.69 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.69 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.6 Å / Num. obs: 17933 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
iMOSFLMdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W4L

4w4l


解像度: 2.9→29.599 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2624 875 4.89 %
Rwork0.2133 --
obs0.2157 17900 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.599 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3853 0 0 27 3880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1065361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6411373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.218627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006702
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.08160.35021630.29672786X-RAY DIFFRACTION100
3.0816-3.31930.37231160.26752817X-RAY DIFFRACTION100
3.3193-3.65270.30861510.2472826X-RAY DIFFRACTION100
3.6527-4.180.24811340.21222828X-RAY DIFFRACTION100
4.18-5.26160.27961450.17482853X-RAY DIFFRACTION99
5.2616-29.60030.18761660.18432915X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.96316.1366-7.24587.4519-5.3953.03830.4235-0.34330.9670.54280.56781.481-0.0697-0.2878-0.93160.6290.06030.24650.67070.12430.9064-52.0612-9.14210.0704
25.7976.3166-5.35285.3813-5.54895.75610.0760.6670.13210.13910.51780.4056-0.0928-0.8489-0.46430.3880.02130.03850.6420.32690.6261-43.5981-9.2974-4.0037
36.8077-1.1014-2.37295.9448-1.86877.85350.08810.21370.43060.31760.4385-0.01320.4537-0.0757-0.44980.409-0.16580.22350.49680.27070.701-19.97187.765-24.8219
42.77612.2317-1.66013.9317-2.08963.38860.5347-0.74450.47910.8565-0.19470.3263-0.18590.383-0.41350.56760.02370.14290.52980.21930.6876-40.8723-6.85517.0766
58.15779.3066-8.44939.9097-8.30488.09650.382-0.12760.21350.4707-0.06870.3189-0.28960.0333-0.24770.33820.02260.00340.50120.27610.6251-29.9537-0.2004-5.2736
65.97694.8003-3.42915.8696-2.7642.81460.554-0.4385-0.09490.6708-0.4162-0.2043-0.92150.2522-0.21180.5329-0.05530.05970.37390.16090.5055-11.173114.5629-23.4333
72.2956-1.5674-0.07071.37261.24536.01670.0009-0.4504-1.42350.7493-0.7578-0.81150.81190.0430.78220.62850.006900.46380.26740.7193-37.2308-17.5206-1.9124
83.3522-0.71721.86067.52570.18059.68080.1873-0.3191-1.3014-0.33110.15750.1931.6388-0.1476-0.16140.62460.05530.12080.38920.17071.0935-1.2299-0.6039-33.1882
94.15920.2025-0.02677.6732-1.16273.1234-0.1004-0.0957-1.9814-0.05850.20480.24140.9807-0.345-0.05070.6654-0.07210.06950.49370.23241.027-0.3621-0.2939-28.3851
103.3391-0.03270.10116.9622-2.92585.9213-0.1049-0.1442-0.45570.13330.07110.02660.0211-0.27990.11190.3321-0.00310.14880.26930.02030.4383-1.446414.6193-36.4479
112.29510.0888-0.12046.7139-2.67373.73540.01990.1013-0.28-0.7163-0.6978-1.05260.38310.89820.59030.45650.01650.23890.53950.10140.803610.615617.3049-43.6429
123.3251-0.29622.045.4586-2.796.7306-0.2177-0.43291.37480.5578-0.11970.4669-1.0341-0.0720.04520.8276-0.07070.16440.36770.04220.8435-0.638943.0218-42.1985
132.3271-0.4291.10616.2273-2.06355.79870.1373-0.14570.20140.01430.0286-0.4838-0.48570.2720.03310.4266-0.11020.13540.37460.07730.59886.506629.9925-38.0939
143.814-1.39932.25885.35050.5521.67060.4352-0.54250.25360.3139-1.1296-1.36620.38032.17640.09420.378-0.1764-0.10870.70350.26750.98415.378222.6835-29.2781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 13 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 14 through 58 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 59 through 122 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 123 through 161 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 162 through 173 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 7 through 24 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 25 through 79 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 80 through 133 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 134 through 171 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 172 through 202 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 203 through 274 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 275 through 299 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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