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- PDB-5xez: Structure of the Full-length glucagon class B G protein-coupled r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xez
タイトルStructure of the Full-length glucagon class B G protein-coupled receptor
要素
  • (Antibody, mAb1, ...) x 2
  • Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Human GCGR receptor / Class B / 7TM domain / membrane / LCP / XFEL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / cellular response to glucagon stimulus / exocytosis / response to starvation / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / cellular response to starvation / hormone-mediated signaling pathway / peptidoglycan catabolic process ...regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / cellular response to glucagon stimulus / exocytosis / response to starvation / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / cellular response to starvation / hormone-mediated signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / response to nutrient / guanyl-nucleotide exchange factor activity / generation of precursor metabolites and energy / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / regulation of blood pressure / Glucagon-type ligand receptors / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / glucose homeostasis / lysozyme activity / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / endosome / defense response to bacterium / positive regulation of gene expression / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, glucagon receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site ...GPCR, family 2, glucagon receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-97V / Endolysin / Glucagon receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, H. / Qiao, A. / Yang, D. / Yang, L. / Dai, A. / de Graaf, C. / Reedtz-Runge, S. / Dharmarajan, V. / Zhang, H. / Han, G.W. ...Zhang, H. / Qiao, A. / Yang, D. / Yang, L. / Dai, A. / de Graaf, C. / Reedtz-Runge, S. / Dharmarajan, V. / Zhang, H. / Han, G.W. / Grant, T. / Sierra, R. / Weierstall, U. / Nelson, G. / Liu, W. / Wu, Y. / Ma, L. / Cai, X. / Lin, G. / Wu, X. / Geng, Z. / Dong, Y. / Song, G. / Griffin, P. / Lau, J. / Cherezov, V. / Yang, H. / Hanson, M. / Stevens, R. / Jiang, H. / Wang, M. / Zhao, Q. / Wu, B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of the full-length glucagon class B G-protein-coupled receptor.
著者: Zhang, H. / Qiao, A. / Yang, D. / Yang, L. / Dai, A. / de Graaf, C. / Reedtz-Runge, S. / Dharmarajan, V. / Zhang, H. / Han, G.W. / Grant, T.D. / Sierra, R.G. / Weierstall, U. / Nelson, G. / ...著者: Zhang, H. / Qiao, A. / Yang, D. / Yang, L. / Dai, A. / de Graaf, C. / Reedtz-Runge, S. / Dharmarajan, V. / Zhang, H. / Han, G.W. / Grant, T.D. / Sierra, R.G. / Weierstall, U. / Nelson, G. / Liu, W. / Wu, Y. / Ma, L. / Cai, X. / Lin, G. / Wu, X. / Geng, Z. / Dong, Y. / Song, G. / Griffin, P.R. / Lau, J. / Cherezov, V. / Yang, H. / Hanson, M.A. / Stevens, R.C. / Zhao, Q. / Jiang, H. / Wang, M.W. / Wu, B.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
B: Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
C: Antibody, mAb1, heavy chain
D: Antibody, mAb1, light chain
H: Antibody, mAb1, heavy chain
L: Antibody, mAb1, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,98516
ポリマ－228,0526
非ポリマー3,93310
水00
1
A: Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
C: Antibody, mAb1, heavy chain
D: Antibody, mAb1, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0948
ポリマ－114,0263
非ポリマー2,0685
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
H: Antibody, mAb1, heavy chain
L: Antibody, mAb1, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8918
ポリマ－114,0263
非ポリマー1,8655
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.610, 245.330, 96.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22H
13D
23L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A27 - 575
2010B27 - 575
1020C215 - 445
2020H215 - 445
1030D1 - 214
2030L1 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 CHDL

#2: 抗体 Antibody, mAb1, heavy chain


分子量: 24977.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Antibody, mAb1, light chain


分子量: 23263.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor / GL-R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / GL-R


分子量: 65784.070 Da / 分子数: 2
断片: UNP RESIDUES 27-256,UNP RESIDUES 2-161,UNP RESIDUES 260-432
変異: C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GCGR, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P47871, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#6: 化合物 ChemComp-97V / 4-{[(4-cyclohexylphenyl){[3-(methylsulfonyl)phenyl]carbamoyl}amino]methyl}-N-(1H-tetrazol-5-yl)benzamide


分子量: 573.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O4S

-
糖 , 2種, 8分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM HEPES, pH7.0, 300mM potassium phosphate monobasic, 25% PEG500DME, 100mM gly-gly-glycine

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.501
11h,-k,-l20.499
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 67598 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 198 % / Net I/σ(I): 4.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L6R

4l6r


解像度: 3→31.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 16.114 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24327 3311 4.9 %RANDOM
Rwork0.20953 ---
obs0.21123 63632 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.16 Å20 Å2-4.17 Å2
2---8.98 Å2-0 Å2
3---14.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→31.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14804 0 264 0 15068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01915459
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0214214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.96121051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0933.00132618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6351926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.22423.635630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.494152370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3281581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5377.3987728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5367.3987727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.76611.099646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.76611.0919647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1147.3757731
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1147.3757731
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.05511.05111406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.64358.91816544
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.64358.92116545
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A476360.12
12B476360.12
21C260600.04
22H260600.04
31D245680.02
32L245680.02
LS精密化 シェル解像度: 2.999→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 243 -
Rwork0.348 4636 -
obs--98.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0496-0.2049-0.02170.89090.09510.01310.0018-0.0044-0.0184-0.0177-0.00270.0561-0.01220.00580.00090.14680.0150.00810.0333-0.00160.023545.5063.77522.3363
20.051-0.2466-0.00911.38670.01190.04190.04590.01660.0032-0.1522-0.0744-0.12980.0131-0.03640.02850.1074-0.0076-0.01120.0386-0.00480.095341.534-121.7155-51.7952
30.06230.0072-0.02970.39260.19240.2579-0.009800.01050.07430.0099-0.0490.04020.0893-0.00010.02090.0108-0.01620.1066-0.00730.023968.8318-64.7005-28.5842
40.19010.00350.00460.20050.29770.4659-0.00170.0299-0.01070.0182-0.00450.0010.0020.02270.00620.0579-0.0075-0.01970.0573-0.00450.009652.8869-66.0296-36.1679
50.10210.05040.12140.3486-0.11080.2588-0.0087-0.03290.01810.0140.01110.0469-0.0157-0.0921-0.00240.01510.01910.00110.10420.00130.016121.4712-57.0794-76.7088
60.10030.0649-0.01090.1838-0.14850.28730.00260.00410.0176-0.0182-0.0111-0.02430.0046-0.05170.00850.03910.01420.00480.0621-0.00070.024537.5043-55.5903-84.1117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 1161
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 1161
3X-RAY DIFFRACTION3C215 - 445
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5H215 - 445
6X-RAY DIFFRACTION6L1 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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