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- PDB-5xev: Crystal Structure of a novel Xaa-Pro dipeptidase from Deinococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xev
タイトルCrystal Structure of a novel Xaa-Pro dipeptidase from Deinococcus radiodurans
要素Xaa-Pro dipeptidase,Peptidase-related protein
キーワードHYDROLASE / Xaa-Pro dipeptidase / prolidase / M28B peptidase / Deinococcus radiodurans
機能・相同性: / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / metal ion binding / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Peptidase-related protein
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Are, V.N. / Kumar, A. / Ghosh, B. / Makde, R.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a novel prolidase from Deinococcus radiodurans identifies new subfamily of bacterial prolidases.
著者: Are, V.N. / Jamdar, S.N. / Ghosh, B. / Goyal, V.D. / Kumar, A. / Neema, S. / Gadre, R. / Makde, R.D.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase,Peptidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6917
ポリマ－45,3081
非ポリマー3826
水7,512417
1
A: Xaa-Pro dipeptidase,Peptidase-related protein
ヘテロ分子

A: Xaa-Pro dipeptidase,Peptidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,38114
ポリマ－90,6172
非ポリマー76512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area31360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.670, 91.879, 53.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-763-

HOH

21A-866-

HOH

31A-882-

HOH

41A-969-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase,Peptidase-related protein


分子量: 45308.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
プラスミド: pST50STRHIS
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0478 / 詳細 (発現宿主): T7 based expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9RX37, Xaa-Pro dipeptidase

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非ポリマー , 6種, 423分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細This protein corresponds to database(UniParc:UPI0002D66B97,GenBank:ANC72273).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.8
詳細: 40 mM KH2PO4, 10mM ammonium citrate, pH 4.8, 3 mM phenylalanine, 1 mM MnCl2, 10 mM ZnCl2, 16% PEG8000, 20% Glycerol
PH範囲: 4.5-5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月29日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.94 Å / Num. obs: 85429 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4196 / CC1/2: 0.757 / Rpim(I) all: 0.331 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152)精密化
AUTOMARデータ収集
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
RESOLVEモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→31.955 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.77
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1639 4130 4.84 %random
Rwork0.1464 ---
obs0.1473 85413 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→31.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 16 417 3571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9184468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1831154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.41590.2941350.24212704X-RAY DIFFRACTION99
1.4159-1.43260.27391430.22632634X-RAY DIFFRACTION100
1.4326-1.450.2351350.20632716X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.46840.20641470.20012680X-RAY DIFFRACTION100
1.4684-1.48770.21911350.18862683X-RAY DIFFRACTION100
1.4877-1.50810.19081290.18412733X-RAY DIFFRACTION100
1.5081-1.52960.19391350.17662707X-RAY DIFFRACTION100
1.5296-1.55250.19891390.17652692X-RAY DIFFRACTION100
1.5525-1.57670.17391260.17242730X-RAY DIFFRACTION100
1.5767-1.60260.19561370.16532685X-RAY DIFFRACTION100
1.6026-1.63020.18961400.16682692X-RAY DIFFRACTION100
1.6302-1.65990.17591500.15942705X-RAY DIFFRACTION100
1.6599-1.69180.17291610.14892707X-RAY DIFFRACTION100
1.6918-1.72630.16831350.15212717X-RAY DIFFRACTION100
1.7263-1.76380.16861560.14962653X-RAY DIFFRACTION100
1.7638-1.80490.14581340.14522732X-RAY DIFFRACTION100
1.8049-1.850.16621280.14352714X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.90.17131300.14632715X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.95590.15881320.14382728X-RAY DIFFRACTION100
1.9559-2.0190.14831210.14562710X-RAY DIFFRACTION100
2.019-2.09120.19631240.14252747X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.17490.16681350.13422706X-RAY DIFFRACTION100
2.1749-2.27390.15421360.13482722X-RAY DIFFRACTION100
2.2739-2.39370.14511440.12962729X-RAY DIFFRACTION100
2.3937-2.54360.14921440.13562697X-RAY DIFFRACTION100
2.5436-2.73990.14251510.1362694X-RAY DIFFRACTION100
2.7399-3.01550.15811280.14262723X-RAY DIFFRACTION100
3.0155-3.45140.15941420.14372723X-RAY DIFFRACTION99
3.4514-4.34660.15211290.13312739X-RAY DIFFRACTION100
4.3466-31.96310.14721490.13972766X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.9916 Å / Origin y: -21.9256 Å / Origin z: 1.6981 Å
111213212223313233
T0.1305 Å2-0.0015 Å2-0.0137 Å2-0.1087 Å20.0008 Å2--0.127 Å2
L0.6741 °20.3797 °2-0.3392 °2-0.2732 °2-0.2199 °2--0.4129 °2
S0.0048 Å °-0.014 Å °-0.0123 Å °-0.0044 Å °-0.0079 Å °0.0044 Å °0.0286 Å °-0.0223 Å °0.011 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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