PDB-5xe7: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis extracytoplasmic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xe7

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis extracytoplasmic function sigma factor SigJ

要素

ECF RNA polymerase sigma factor SigJ

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / RNA polymerase subunit / ECF41 sigma factor / DNA binding / SnoaL_2 domain

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / response to hydrogen peroxide / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.162 Å

データ登録者

Goutam, K. / Gopal, B.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The fused SnoaL_2 domain in the Mycobacterium tuberculosis sigma factor sigma J modulates promoter recognition
著者: Goutam, K. / Gupta, A.K. / Gopal, B.

履歴

登録	2017年4月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xe7.cif.gz	211.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xe7.ent.gz	167.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xe7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xe7_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xe7_full_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示
XML形式データ	5xe7_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	5xe7_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xe7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xe7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cvn-2 4wa8-2 2iyl-d 5gg8-d 4nv3-1 4oat-1 4qym-2 1xqh-2 2q9b-1 3r6j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (5) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ECF RNA polymerase sigma factor SigJ

B: ECF RNA polymerase sigma factor SigJ

67.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ECF RNA polymerase sigma factor SigJ

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ECF RNA polymerase sigma factor SigJ

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: ECF RNA polymerase sigma factor SigJ

ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 2 ポリマー
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4

B: ECF RNA polymerase sigma factor SigJ

ソフトウェアが定義した集合体
67.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.457, 133.599, 133.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	ECF RNA polymerase sigma factor SigJ / ECF sigma factor SigJ / Alternative RNA polymerase sigma factor SigJ / RNA polymerase sigma-J ...ECF sigma factor SigJ / Alternative RNA polymerase sigma factor SigJ / RNA polymerase sigma-J factor / Sigma-J factor 分子量: 33710.184 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-306 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: sigJ, Rv3328c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0TCG5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2M potassium sodium tartrate, 0.1M sodium citrate tribasic pH 5.6, 2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97867 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97867 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→66.8 Å / Num. obs: 35959 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 21.2 % / R_merge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 5166 / CC_1/2: 0.938 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.162→66.749 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.75
詳細: The structure factor file contains friedel pairs in F_PLUS/MINUS and I_PLUS/MINUS columns. The difference between the reflection number for data collection and refinement is because of ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2702	3493	5.09 %
R_work	0.257	-	-
obs	0.261	65274	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.162→66.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3805	0	0	180	3985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3876
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	5336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.456	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1622-2.1995	0.402	170	0.3819	3279	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1995-2.2395	0.3874	165	0.3581	3204	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2395-2.2825	0.3376	206	0.3526	3272	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2825-2.3291	0.3987	196	0.3694	3248	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3291-2.3797	0.3433	182	0.3632	3252	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3797-2.4351	0.3499	168	0.3344	3279	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4351-2.496	0.354	196	0.3524	3207	X-RAY DIFFRACTION	94
2.496-2.5634	0.3805	164	0.3381	3314	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5634-2.6388	0.3062	202	0.3261	3220	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6388-2.7239	0.355	132	0.3173	3301	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7239-2.8212	0.3019	142	0.3075	3351	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8212-2.9341	0.3662	200	0.2948	3188	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9341-3.0675	0.3102	200	0.2842	3252	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0675-3.2291	0.2627	170	0.2842	3265	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2291-3.4312	0.2807	172	0.2679	3262	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4312-3.6957	0.2456	138	0.2496	3322	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6957-4.067	0.2697	174	0.2248	3263	X-RAY DIFFRACTION	95
4.067-4.6538	0.2047	183	0.1965	3262	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6538-5.8572	0.1943	184	0.2099	3254	X-RAY DIFFRACTION	95
5.8572-31.481	0.2749	149	0.2223	3235	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3036	-0.1395	-0.063	-0.0053	-0.0111	0.0047	0.1282	-0.6794	0.3147	-0.264	-0.2714	0.1305	0.2618	0.0233	-0.1392	0.2536	-0.0703	0.0679	0.3263	0.0244	0.4227	-17.5361	-21.8942	-27.0809
2	0.0986	-0.1358	0.0604	0.0606	0.0079	0.0457	0.5502	-0.0605	0.1623	-0.2291	-0.5018	-0.1041	0.0363	0.1064	-0.0017	0.312	-0.0913	0.0904	0.3283	0.0035	0.4782	-10.1644	-24.7591	-28.4874
3	0.0313	0.0596	0.0153	0.0421	0.0221	0.0592	0.0445	0.1078	0.0733	-0.1559	0.0663	0.2317	-0.1649	0.2775	0.0042	0.3459	0.0155	0.0929	0.3375	0.051	0.3237	-20.4722	-28.3247	-12.0893
4	-0.0047	0.222	-0.1123	0.2624	0.0996	-0.0605	0.1867	-0.3856	-0.0708	0.0314	0.0719	0.095	-0.0332	0.6242	0.2004	0.2507	0.0657	0.0509	0.5653	0.008	0.394	-12.3389	-38.2716	-18.595
5	0.0406	0.0045	0.0851	0.0575	-0.104	0.0831	0.0655	0.3988	0.1163	-0.2228	-0.1097	0.0703	0.438	0.2478	-0.0002	0.5256	0.0031	0.0494	0.5806	0.0035	0.3854	-21.6001	-34.4415	5.7406
6	0.3352	0.4088	0.2551	0.0697	0.1464	0.1503	0.0647	0.0113	0.0845	0.0186	-0.1127	-0.095	0.0629	0.4519	-0.3291	0.4173	0.0016	0.0448	0.452	0.0247	0.3477	-24.9725	-27.3418	2.3067
7	0.1024	0.0077	-0.0559	0.0262	0.0216	0.0719	-0.1038	0.1902	0.0945	0.1321	-0.0538	-0.1905	-0.1541	-0.0703	-0.0001	0.3675	0.0377	-0.0215	0.4059	0.0113	0.4868	-19.8761	-40.261	-43.5993
8	0.2579	-0.2188	-0.0658	-0.0285	-0.1359	0.2025	0.0698	-0.1494	-0.0304	-0.2732	0.0132	-0.0432	0.0571	-0.1024	0.0228	0.3283	0.0929	-0.0272	0.2885	0.0244	0.5214	-21.1351	-46.0124	-40.1705
9	-0.0024	-0.0301	0.0382	0.0453	-0.0625	0.0552	0.2336	0.226	-0.3457	0.4505	-0.2295	-0.2209	-0.0513	-0.2648	-0.0003	0.5375	0.4361	0.2077	-0.131	0.0302	0.7694	-25.1315	-52.5669	-30.5128
10	0.3635	0.3889	0.3364	0.7622	0.335	0.4413	-0.0285	0.1382	-0.0441	0.2456	0.0568	0.3855	0.1444	0.0442	0.6414	0.3283	0.0138	0.0607	0.2305	-0.0181	0.3754	-20.7549	-51.2297	-26.5497
11	0.1537	-0.0036	0.0864	0.0621	0.0236	0.0315	0.243	0.143	-0.0936	0.0442	-0.0778	0.3264	-0.3631	0.18	0.0019	0.5538	0.029	0.0464	0.2144	-0.0024	0.6361	-14.7468	-73.4649	-34.7851
12	1.2597	0.441	0.4562	0.3392	0.0152	0.1863	-0.3687	0.7377	0.1253	0.0137	0.4593	0.621	0.2059	0.1978	0.0599	0.4977	0.1134	0.092	0.0184	0.0999	0.6691	-12.6834	-65.4433	-40.5219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:44)	A	2 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 45:73)	A	45 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 74:112)	A	74 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 113:181)	A	113 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 182:212)	A	182 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 213:297)	A	213 - 297
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 2:40)	B	2 - 40
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 44:100)	B	44 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 101:121)	B	101 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 122:187)	B	122 - 187
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 188:242)	B	188 - 242
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 243:297)	B	243 - 297

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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