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- PDB-5xdm: Structure of the C-terminal domain of E. coli MinC at 3.0 angstro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xdm
タイトルStructure of the C-terminal domain of E. coli MinC at 3.0 angstrom resolution
要素Septum site-determining protein MinC
キーワードCELL CYCLE / Cell division inhibition / dimer / P4322 / beta helical
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell septum assembly / regulation of division septum assembly / cell pole / division septum assembly / regulation of cell division / cell morphogenesis / cell division / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Septum formation inhibitor MinC, N-terminal / : / Septum formation inhibitor MinC, N-terminal domain / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal / Septum formation inhibitor MinC / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal domain superfamily / Septum formation inhibitor MinC, C-terminal domain / Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable septum site-determining protein MinC / Septum site-determining protein MinC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.004 Å
データ登録者Zheng, J. / Shen, Q. / Yang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaNo. 21273023 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Characterization of C-terminal structure of MinC and its implication in evolution of bacterial cell division
著者: Yang, S. / Shen, Q. / Wang, S. / Song, C. / Lei, Z. / Han, S. / Zhang, X. / Zheng, J. / Jia, Z.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / software / struct_keywords / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.title / _entity.pdbx_description ..._citation.title / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _software.version / _struct_keywords.text / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septum site-determining protein MinC
B: Septum site-determining protein MinC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2582
ポリマ－26,2582
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area10940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.061, 65.061, 115.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Septum site-determining protein MinC


分子量: 13128.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 121-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: minC, b1176, JW1165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18196, UniProt: B7LGT4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.2, 0.44 M sodium/potassium L-(+)-tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.004→29.589 Å / Num. obs: 7967 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.3 % / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 8.6 % / Rsym value: 0.688

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HF2

1hf2


解像度: 3.004→29.589 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 796 9.99 %
Rwork0.2288 --
obs0.2331 7967 83.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.004→29.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1675 0 0 0 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.712311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6561026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0045-3.19250.3938660.3498579X-RAY DIFFRACTION41
3.1925-3.43870.26151140.25921006X-RAY DIFFRACTION70
3.4387-3.78410.281430.22961329X-RAY DIFFRACTION93
3.7841-4.33020.27421620.23511414X-RAY DIFFRACTION100
4.3302-5.450.25161500.19531427X-RAY DIFFRACTION100
5.45-29.59050.28341610.22511416X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.46731.6218-0.25141.6456-0.40167.066-0.12730.1762-1.2224-0.3413-0.2848-0.47661.3442-0.56320.09590.28580.01540.0490.38860.07540.614714.477-27.7901-9.2893
23.2-0.58410.87037.05170.14448.4702-0.0281-0.44820.32990.4945-0.0768-0.3712-0.7478-0.28170.02810.31710.03560.03050.33920.02610.392515.5837-15.4847-1.65
36.9570.19651.14295.328-0.07623.496-0.4663-1.23010.51440.7308-0.13410.326-1.21951.42640.73011.0131-0.51-0.11931.38970.07680.509915.469-17.682626.6794
42.1539-0.87660.64132.92361.58922.58340.3415-0.95140.0251-0.97160.1997-0.3298-0.75021.5814-0.330.7188-0.3296-0.01711.3560.05010.740917.441-22.189923.4761
51.7331.70160.2572.23640.4460.267-0.24390.40630.0756-0.6449-0.4293-0.1849-0.33861.2061-0.6248-0.1295-0.19230.06141.85560.18460.559915.8742-28.255519.1841
64.06481.7374-0.2473.6492-2.66295.0526-0.22650.0909-0.3275-0.6671-0.2082-0.00220.91280.41550.26320.2413-0.01150.06350.93220.14230.38727.4918-33.041615.9679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 60 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 126 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 20 through 31 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 32 through 50 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 51 through 79 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 80 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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