+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xda | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural basis for Ufm1 recognition by UfSP | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE / complex / molecular recognition | ||||||
機能・相同性 | ![]() deUFMylase activity / protein localization to non-motile cilium / protein ufmylation / positive regulation of chemotaxis / chemotaxis / response to ethanol / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex ...deUFMylase activity / protein localization to non-motile cilium / protein ufmylation / positive regulation of chemotaxis / chemotaxis / response to ethanol / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, K.H. / Ha, B.H. / Kim, E.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for Ufm1 recognition by UfSP 著者: Kim, K.H. / Ha, B.H. / Kim, E.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 719.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 600.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 524.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 612.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 134.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 175.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5ejjS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64178.301 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 25-589 / 変異: C407S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: odr-8, ufsp-2, F38A5.1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q94218, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 8873.234 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 11-94 / 変異: H94G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ufm-1, tag-277, ZK652.3 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.87 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris propane, 1M tri-ammonium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 179483 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 0.114 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5EJJ 解像度: 3.285→46.165 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 23.07 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.285→46.165 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|