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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xd1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1 in complex with Ap5A, ATP and magnesium | ||||||
![]() | NUDIX family protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / Nudix enzyme / histidine phosphatase domain / intermolecular interface binding / diadenosine polyphosphates / enzyme action / fluoride inhibition | ||||||
機能・相同性 | ![]() 8-oxo-(d)GTP phosphatase / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / 8-oxo-dGDP phosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arif, S.M. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Hydrolysis of diadenosine polyphosphates. Exploration of an additional role of Mycobacterium smegmatis MutT1 著者: Arif, S.M. / Varshney, U. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Biochemical and structural studies of Mycobacterium smegmatis MutT1, a sanitization enzyme with unusual modes of association 著者: Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 年: 2012 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of MutT1 (MSMEG_2390) from Mycobacterium smegmatis. 著者: Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38153.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2390 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 348分子 ![](data/chem/img/5FA.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-5FA / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-ATP / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30%(w/v) PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→43.58 Å / Num. obs: 38776 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4771 / % possible all: 81.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5gg5 解像度: 1.6→43.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.378 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.976 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→43.58 Å
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拘束条件 |
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