PDB-5xcu: Crystal structure of 12CA5 Fv-clasp fragment with its antigen peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xcu

タイトル

Crystal structure of 12CA5 Fv-clasp fragment with its antigen peptide

要素

HA peptide
VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera
VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody fragment / Fv-clasp

機能・相同性

p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.454 Å

データ登録者

Arimori, T. / Takagi, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Fv-clasp: An Artificially Designed Small Antibody Fragment with Improved Production Compatibility, Stability, and Crystallizability
著者: Arimori, T. / Kitago, Y. / Umitsu, M. / Fujii, Y. / Asaki, R. / Tamura-Kawakami, K. / Takagi, J.

履歴

登録	2017年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xcu.cif.gz	274.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xcu.ent.gz	224.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xcu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xcu_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xcu_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	5xcu_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	5xcu_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/5xcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/5xcu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xcqC 5xcrC 5xcsSC 5xctC 5xcvC 5xcxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q1p-d 5xcs-d 5ee1-d 5xcx-d 5ee9-2 1v4a-d 5xcv-2 2dby-d 6zr5-1 4quq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera

B: VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

C: HA peptide

D: VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera

E: VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

F: HA peptide

ヘテロ分子

79 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera

B: VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

C: HA peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera

E: VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera

F: HA peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.380, 107.310, 66.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	VH(S112C)-SARAH chimera,VH(S112C)-SARAH chimera 分子量: 19598.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	VL-SARAH(S37C) chimera,VL-SARAH(S37C) chimera 分子量: 18699.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	HA peptide 分子量: 1102.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 25%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→44.58 Å / Num. obs: 29296 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.85
反射シェル	解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / R_sym value: 0.64 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XCS

5xcs

解像度: 2.454→44.58 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2465	1466	5.01 %
R_work	0.1987	-	-
obs	0.2011	29290	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.454→44.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5360	0	10	151	5521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.959	7412
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.933	3316
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	946

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4538-2.5415	0.3449	146	0.2675	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5415-2.6432	0.3387	148	0.2596	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6432-2.7635	0.3326	145	0.2703	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7635-2.9092	0.2697	144	0.2597	2732	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9092-3.0914	0.3265	146	0.241	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0914-3.33	0.2987	148	0.2309	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.665	0.2358	146	0.1909	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
3.665-4.195	0.1954	146	0.1706	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
4.195-5.2839	0.1644	148	0.1401	2817	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2839-44.587	0.2353	149	0.1694	2821	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3454	-0.0395	-0.0129	1.7744	-0.6352	0.819	0.0763	-0.1182	-0.1117	-0.0364	-0.1076	0.0752	0.0396	0.0106	0.0539	0.188	-0.0134	-0.013	0.2032	-0.0092	0.2132	21.3785	19.5141	10.363
2	2.1351	1.8388	-0.5227	2.7673	-0.1698	0.6778	0.0308	-0.0048	-0.3908	0.0256	-0.0697	-0.3384	0.0593	0.0419	0.0459	0.3598	0.0258	-0.0156	0.2449	0.0065	0.177	41.966	-3.663	17.286
3	2.3113	-1.031	-0.3852	1.24	0.3455	0.923	-0.0696	0.0047	0.0012	-0.0626	0.0393	-0.1693	0.0201	0.0969	0.0233	0.2166	-0.0013	-0.0039	0.2109	-0.0054	0.2743	37.5464	22.9057	-4.2399
4	1.854	1.2249	-0.5739	1.8125	-0.2499	0.4694	0.4027	-0.2116	0.2276	0.4031	-0.2139	0.0902	-0.1839	0.0646	-0.1284	0.3142	0.0006	-0.0188	0.2145	0.0121	0.2299	38.874	5.684	17.327
5	1.2198	-0.1248	0.7888	1.1943	-0.6283	2.4175	-0.1004	-0.1217	-0.0346	0.0719	0.0997	-0.108	0.0326	0.3743	-0.0485	0.2718	0.029	0.0114	0.3901	-0.01	0.2623	46.5812	-1.9632	43.0862
6	3.9099	-0.1321	1.8634	0.7519	0.0213	1.459	0.1022	-0.619	0.0522	0.0892	-0.0262	-0.0214	0.0214	-0.1547	-0.0212	0.372	-0.0144	0.0465	0.3254	-0.0096	0.2907	30.318	-10.795	70.502
7	1.4952	-0.2769	-0.288	1.452	0.1505	2.3148	-0.018	-0.053	0.079	0.1091	0.1261	0.1846	-0.2373	-0.2254	-0.1122	0.3013	0.0311	0.0176	0.2948	0.0363	0.2968	26.1353	5.3698	39.6381
8	1.6323	0.475	0.435	0.9774	-0.282	2.1986	-0.068	0.2837	-0.0148	-0.0218	0.1015	0.1801	-0.1031	0.1654	-0.0849	0.3266	0.0244	0.0559	0.1992	0.0127	0.2932	35.297	-9.433	62.348
9	3.779	-0.1788	-2.4666	1.9122	1.4459	6.5121	0.4263	0.4753	0.02	0.0862	-0.5894	0.0986	-0.7167	-0.8125	0.0935	0.505	0.0057	0.0335	0.3262	0.0193	0.2249	14.4538	33.8013	2.7597
10	1.5317	1.3959	2.1769	1.9438	0.959	6.1333	0.0359	-0.199	0.5149	0.3918	0.6071	-0.6713	0.5014	0.8589	-0.6245	0.4371	0.0336	-0.0503	0.3906	-0.0483	0.379	48.3897	3.0528	26.2473

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 1:120))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ((resseq 121:164))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and ((resseq 1:114))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 115:159))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and ((resseq 1:120))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and ((resseq 126:163))
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and ((resseq 2:119))
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and ((resseq 120:158))
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C'
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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