[日本語] English
万見
- PDB-5xc0: Crystal structure of an aromatic mutant (W6A) of an alkali thermo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xc0
タイトルCrystal structure of an aromatic mutant (W6A) of an alkali thermostable GH10 Xylanase from Bacillus sp. NG-27
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / xylanase / cryptic pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus sp. NG-27 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Bansia, H. / Mahanta, P. / Ramakumar, S.
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2021
タイトル: Small Glycols Discover Cryptic Pockets on Proteins for Fragment-Based Approaches.
著者: Bansia, H. / Mahanta, P. / Yennawar, N.H. / Ramakumar, S.
履歴
登録2017年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22021年3月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0916
ポリマ－81,9972
非ポリマー954
水3,765209
1
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0463
ポリマ－40,9981
非ポリマー472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
2
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0463
ポリマ－40,9981
非ポリマー472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.229, 67.390, 177.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 354 / Label seq-ID: 2 - 355

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Beta-xylanase / Thermostable GH10 Xylanase


分子量: 40998.309 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-405 / 変異: W6A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. NG-27 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30700, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M NaCl, 0.16M MgCl2, 0.05M Tris HCl pH 8.5, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年4月6日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→27.96 Å / Num. obs: 27367 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 145366 / Scaling rejects: 26
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.207 / Rrim(I) all: 0.499 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
SCALA0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SCALAデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F8Q

2f8q


解像度: 2.32→27.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 16.573 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.7788 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.779 / ESU R Free: 0.282
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 1358 5 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.204 25944 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.64 Å2 / Biso mean: 26.165 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→27.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5710 0 4 209 5923
Biso mean--9.56 17.27 -
残基数----707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9287998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.038311840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2775704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90724.801327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.62115904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0231534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021246
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 24132 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 89 -
Rwork0.254 1801 -
all-1890 -
obs--93.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43750.1239-0.23760.0525-0.01920.2790.027-0.00010.03350.0067-0.00190.00870.00390.001-0.02510.0288-0.0014-0.00380.04950.0050.0279-0.9350.945-6.642
20.3070.29840.06460.42640.24890.26750.1410.0233-0.09190.0945-0.0536-0.1398-0.0276-0.1002-0.08750.07690.0343-0.02650.04530.02160.0462-11.50111.34-43.719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 354
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 354

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る